[법인세] 분할신설법인이 적격물적분할로 승계한 토지를 양도한 경우, 취득시기

분할신설법인이 적격물적분할로 승계한 토지를 양도한 경우, 취득시기는 언제인가?

— 토지등 양도소득 과세특례와 부칙 특례의 적용 분기점 (조심 2024부2809, 2025.07.03)

사건개요

분할신설법인은 2020.6.2. 적격물적분할로 분할법인의 토지(이하 ‘쟁점토지’)를 포괄 승계하였다. 분할신설법인은 2021.11.30. 쟁점토지를 제3자에게 양도하였다. 분할신설법인은 쟁점토지의 취득시기를 분할법인의 **소유권보존등기일(2011.8.5.)**로 보아, **법인세법 부칙 제4조(2009.3.16.~2012.12.31. 취득분 특례)**에 따라 비사업용 토지 추가과세(법인세법 제55조의2 제1항 제3호) 적용을 배제해야 한다고 주장하였다. 그러나 처분청은 분할신설법인이 쟁점토지를 ‘분할’로 새로 취득한 것으로 보아 **분할등기일(2020.6.2.)**을 취득시기로 판단했고, 이에 따라 특례기간 취득 자산이 아니라는 이유로 경정청구를 거부하였다. 조세심판원은 처분청의 판단을 인용하고 심판청구를 기각하였다(조심 2024부2809, 2025.07.03).

---

판례요약

조세심판원은 다음과 같이 판단하였다.

• 물적분할은 ‘자산의 양도’ 전제
  법인세법 제47조 제1항은 물적분할로 인한 자산 이전을 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 전제한 과세이연 규정이다. 따라서 분할신설법인이 자산의 법적·경제적 소유권을 분할등기일에 취득했다고 본다.
• 취득·양도시기 준용 규정
  법인세법 시행령 제92조의2 제6항은 토지등 양도소득 과세특례의 취득시기·양도시기를 시행령 제68조(대금청산일, 이전등기일, 인도일, 사용·수익일 중 빠른 날)로 준용하도록 한다. 분할을 통한 이전도 ‘양도’에 해당하므로, 분할등기일이 취득시기가 된다.
• 대법원 및 심판례 취지
  대법원 2018.5.11. 선고 2014두44342는 분할을 통한 자산 이전을 **유상 이전(양도)**으로 본다. 조심2019서2775(2019.12.19.), 조심2020서2572(2021.06.07.) 등도 같은 취지로 분할등기일을 취득시기로 보았다.

결론적으로, 분할신설법인의 쟁점토지는 부칙 제4조 특례기간 취득 자산으로 볼 수 없고, 비사업용 토지 양도에 대한 추가세율 적용이 정당하다고 판단되었다.

---

법리해석 및 판례해설

1) 핵심 쟁점: “취득시기”의 귀속 기준

토지등 양도소득 과세특례(법인세법 제55조의2, 이하 ‘쟁점규정’)는 비사업용 토지 양도 시 추가세를 부과한다. 다만 부칙 제4조는 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 자산을 양도하는 경우 해당 추가세를 면제한다. 따라서 언제를 ‘취득’으로 볼지가 특례 적용의 분기점이다.

분할신설법인은 기업의 계속성과 장부가 승계(법인세법 제46조의3), 세무조정·결손금 포괄승계 등을 근거로 “분할법인의 취득일=분할신설법인의 취득일”이라는 해석을 주장할 여지가 있다. 그러나 조세심판원은 **형식·실질 모두에서 ‘분할 자체가 양도’**라는 조문 구조에 착안하여, 분할등기일에 새로운 취득이 성립한다고 본다.

2) 과세체계 관점: ‘계속성’ vs. ‘양도’의 긴장

• 계속성(continuity) 논리는 적격분할에서 과세이연을 뒷받침한다(분할신설법인은 장부가로 승계).
• 그러나 양도(realization) 논리는 분할법인 단계에서 양도손익이 발생하는 구조(단, 과세이연 특례로 손금산입 또는 이연)와, 분할신설법인 단계에서 취득시기를 새로 부여한다는 구조를 전제로 한다.

조문 상 양 논리는 서로 배타적이 아니라 각각 별도 단계에서 작동한다. 즉, 분할 시점에는 양도 실현(이연) + 분할신설법인에는 신규 취득이라는 이중 구조다. 그 결과, 사후 양도 시 특례 적용 판단에서는 **신규 취득시기(분할등기일)**가 기준이 된다.

3) 예규와의 엇갈림: 향후 실무 리스크

국세청은 과거 일부 유권해석(기준-2020-법령해석법인-0304, 2021.2.5.; 서면-2019-법인-0557, 2019.2.27.)에서 분할법인의 취득일을 승계로 보았다. 이는 지배관계 내 포괄승계 논리를 강화한 해석이다. 그러나 본 심판례는 조문 체계(제47조, 영 §68, §92조의2 제6항)와 대법원 취지를 근거로 분할등기일 기준을 명확히 하였다. 실무자는 예규 정비·갱신 여부를 주시하면서, 현재 분쟁 가능성이 있는 사안에서는 분할등기일 기준에 따라 세 부담 시뮬레이션을 우선 검토하는 것이 안전하다.

4) 부칙 특례와의 관계: 분할 시점 설계의 중요성

부칙 제4조는 경기 활성화를 위해 한시적으로 도입된 규정이므로, 취득시기가 특례기간 내에 있어야 한다. 본 사안에서 분할등기일(2020.6.2.)은 특례기간을 벗어난다. 따라서 분할 일정이 사후 양도세 부담에 미치는 영향이 매우 크다. 구조 재편을 계획하는 기업은 **(i) 분할등기일, (ii) 사후 양도 시점, (iii) 비사업용 토지 해당 기간(영 §92조의3)**을 종합 관리해야 한다.

5) 관련 규정 체계 요약

• 법인세법 제47조 제1항: 물적분할로 인한 자산 이전을 ‘양도’로 전제, 양도차익 상당액 손금산입(과세이연).
• 법인세법 시행령 §68: 자산 양도 손익의 귀속시기(대금청산일/등기·인도·사용수익일 중 빠른 날).
• 시행령 §92조의2 제6항: 토지등 양도소득 과세특례의 취득·양도시기는 §68 준용.
• 법인세법 부칙 제4조: 2009.3.16.~2012.12.31. 취득분은 비사업용 추가과세 배제.
• 대법원 2014두44342(2018.5.11.): 분할을 통한 자산 이전은 유상 이전(양도).

---

실무상 유의사항

1. 분할 구조 설계 단계에서 ‘취득시기’ 역산
   분할 후 자산(특히 토지)을 양도할 계획이 있다면, 분할등기일=취득시기 전제를 두고 부칙 특례 및 비사업용 판정기간을 역산한다.
2. 장부가 승계와 과세이연은 ‘취득시기 동일화’가 아님
   적격분할의 장부가 승계·결손금 승계는 분할법인→분할신설법인 사이의 세무상 계속성을 보장할 뿐, 사후 양도 시점의 취득시기 판정을 동일화하지 않는다.
3. 예규 의존 리스크 관리
   국세청 일부 유권해석과 심판례가 엇갈렸던 영역이다. 신고·경정청구·불복 전략 수립 시 최근 심판례·판례 흐름을 반영한다.
4. 비사업용 토지 기간 요건 체크
   영 §92조의3 기간요건(소유기간의 40% 초과 등)을 분할등기일 기준으로 재산정한다. 동일 토지라도 분할을 거치면 비사업용 기간 산식이 달라질 수 있다.
5. 증빙과 절차 관리
   분할계획서, 분할등기일, 자산 명세, 사용·수익 개시일, 대금청산 사실 등이 취득·양도시기 판단의 객관증빙이다. 사후 쟁점화를 막기 위해 법무·회계·세무 간 문서 일치를 유지한다.

---

결론

본 심판례(조심 2024부2809)는 적격물적분할로 승계된 토지의 취득시기를 분할등기일로 본 점에서 분명하다. 이 판단은 물적분할=양도 전제라는 조문 구조와 시행령 준용 규정 및 대법원 취지에 정합적이다. 결과적으로 분할신설법인이 사후에 토지를 양도하는 경우, 부칙 제4조 특례 적용 여부와 비사업용 토지 추가세율은 분할등기일을 중심으로 판정된다. 구조재편을 계획하는 기업은 분할 일정과 사후 양도 계획을 통합적으로 설계하여 예기치 않은 세 부담을 회피해야 한다.

---