[법인세법] 제3자 배정 유상증자 시 특수관계인 및 부당행위계산부인 적용 여부 - 조심 2024서0202 (2025.07.31, 기각)

 

서론

기업이 제3자 배정방식으로 유상증자를 실시할 때, 해당 거래가 정상적인 자본거래인지, 아니면 특수관계인 간의 경제적 합리성이 결여된 부당거래로 볼 수 있는지는 세무 실무에서 매우 중요한 쟁점이다. 특히 자본시장법상 운용사 설립, 스타트업 지분참여, 또는 벤처투자회사 설립과 같은 상황에서는 핵심 인력을 영입하기 위해 일정 지분을 부여하는 구조가 자주 사용된다.

이번에 살펴볼 조심 2024서0202(2025.07.31) 사례는 금융투자업을 영위하는 법인이 사모운용사를 신설하면서, 향후 함께 운용할 핵심인력들에게 사이닝보너스를 지급하고 유상증자 형태로 주식을 액면가액에 배정한 거래가 쟁점이 되었다. 과세당국은 이 거래가 경제적 합리성이 결여된 특수관계인 간 거래라고 판단해 부당행위계산부인을 적용했고, 청구법인은 이에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했다.

이 사건은 단순히 하나의 유상증자 사례에 국한되지 않는다. 법인세법상 ‘특수관계’의 범위, ‘행위 시점의 판단 기준’, 그리고 **‘경제적 합리성의 존재 여부’**라는 세 가지 핵심 쟁점을 동시에 포함하고 있기 때문이다. 본 글에서는 해당 판례의 사실관계, 판단 근거, 그리고 실무적 시사점을 중심으로 구체적으로 살펴본다.

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1. 사건 개요

청구법인은 금융투자업을 주업으로 하는 법인으로, 전문사모운용사 설립을 위해 핵심인력들과 두 차례 합의서(1차, 2차)를 체결했다. 이 합의서에는 핵심운용인력들이 설립될 운용사의 주식을 액면가액으로 인수한다는 내용이 포함되어 있었고, 청구법인은 이들에게 사이닝보너스를 지급했다. 이후 쟁점법인(운용사)은 실제로 제3자 배정방식으로 유상증자를 실시해 핵심인력들이 주식을 인수했다.

그러나 과세관청은 이 거래를 단순한 인재영입 목적의 경영행위로 보지 않았다.
조사 결과,

• 유상증자 당시 청구법인이 쟁점법인의 지분을 100% 보유하고 있었고,
• 핵심인력들이 모두 쟁점법인의 임직원으로 재직 중이었으며,
• 액면가 발행가액이 상증법상 평가액보다 높았다는 점을 근거로,
  해당 거래를 특수관계인 간 고가 유상증자로 판단하였다.

이에 따라 세무당국은 청구법인이 핵심인력들로부터 이익을 분여받은 것으로 보고, 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) 및 시행령 제88조 제1항 제8호를 근거로 법인세를 추가로 부과하였다. 청구법인은 “이는 단순한 경영 판단이며 세법상 부당행위계산부인 요건에 해당하지 않는다”고 주장하며 불복 절차를 밟았다.

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2. 판례 요약

청구법인은 다음과 같은 논리를 제시했다.
첫째, 유상증자 조건은 쟁점법인 설립 전에 이미 합의된 것으로, 당시에는 청구법인과 핵심인력 간에 법인세법상 특수관계가 성립하지 않았다는 점.
둘째, 사이닝보너스와 액면가 유상증자는 인재 확보와 경영 안정화를 위한 합리적 의사결정이었다는 점이다.

그러나 조세심판원의 판단은 달랐다.

• 1차 합의서는 청구법인과 개인 핵심인력 간의 계약일 뿐, 쟁점법인은 당사자가 아니므로 그 내용에 법적 구속력을 인정하기 어렵다.
• 실제 유상증자가 이루어진 시점(2020.2.20.)에는 핵심인력들이 이미 청구법인이 지배하는 쟁점법인의 임직원으로 재직 중이었으므로, 양자는 법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호(현행 제8항 제7호)에 따른 특수관계에 해당한다.
• 쟁점법인이 핵심인력들에게 사이닝보너스를 지급하고, 다시 이들에게 신주를 액면가로 배정한 것은 경제적 합리성이 결여된 거래로서, 부당행위계산부인 적용 대상에 해당한다.

따라서 조세심판원은 청구법인의 주장을 기각하고, 원처분(과세)을 그대로 인정하였다.

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3. 법리 해석 및 판례 해설

이 사건은 “제3자 배정 유상증자”가 조세상 부당행위계산부인으로 이어질 수 있는 구조를 보여준다.

첫째, 특수관계의 성립 시점에 대한 해석이다.
청구법인은 “합의서 작성 시점에 특수관계가 존재하지 않았다”고 주장했으나, 세법상 ‘행위 당시’는 단순히 계약 체결 시점이 아니라 **이익이 분여되는 시점(즉, 신주 납입일)**로 본다는 것이 대법원 판례와 심판례의 일관된 입장이다. 따라서 실제 유상증자 시점에 특수관계가 존재하면, 이전 계약이 언제 작성되었는지는 중요하지 않다.

둘째, 특수관계인의 범위에 대한 문제다.
법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호(현행 제8항 제7호)는 “공정거래법상 기업집단에 속하는 법인과 그 임원”을 특수관계로 본다.
이 규정은 흔히 대기업집단에만 적용된다고 오해되지만, 실무적으로는 “동일인(지배주주나 대표자가 동일한 경우)”이 존재하는 중소기업·스타트업 구조에도 동일하게 적용될 수 있다.
이 사건에서도 청구법인이 쟁점법인의 100% 지분을 보유한 상태였으므로, 양자는 동일 기업집단으로 판단되었고, 쟁점법인의 임직원은 당연히 청구법인의 특수관계인으로 본 것이다.

셋째, 경제적 합리성의 판단 기준이다.
경제적 합리성은 단순히 거래 상대가 특수관계인이 아닌 제3자와 다르다는 이유만으로 부정되지 않는다. 그러나 거래의 내용이 “사회통념상 정상적인 상거래 관행”에서 벗어난 경우, 즉, 합리적 평가절차 없이 액면가 발행을 강행하거나, 실질적으로 기업의 가치가 이미 상승한 상태에서 낮은 가격으로 지분을 부여하는 경우에는 부당행위로 본다.
이 사건에서 심판원은 사이닝보너스 지급 → 동일 인력의 액면가 유상증자 참여라는 구조 자체가 기존 주주(청구법인)의 이익을 증가시키는 결과를 낳았다고 보았다.

결국 이 사건은 단순히 한 법인의 인재영입 구조가 아니라, 세법이 “문서의 형식이 아닌 실질”을 기준으로 판단한다는 점을 분명히 보여준다.

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4. 실무상 유의사항

1. 유상증자 시점의 평가액 검토 필수
   유상증자를 계획할 때는 반드시 상속세 및 증여세법상 보충적 평가액을 산정해야 한다. 이는 세법상 시가 판단의 기본 기준이 되므로, 액면가 또는 임의가로 발행할 경우 반드시 합리적 사유를 문서로 남겨야 한다.
2. 특수관계 여부의 사전 검토
   거래 상대방이 동일 기업집단 소속이거나 지배주주가 동일한 경우, 그 임직원이라도 특수관계로 볼 수 있다. 따라서 지분구조와 인사관계가 얽힌 경우에는 사전에 법인세법 시행령 기준으로 검토하는 것이 중요하다.
3. 행위 시점의 실질 중심 판단
   세법상 부당행위계산부인은 ‘행위 당시’를 기준으로 하므로, 계약서 체결 시점보다 주금 납입 시점을 중점적으로 관리해야 한다. 계약 내용이 아무리 정교해도 실제 이행 시점의 경제적 실질이 달라지면 과세 위험이 발생한다.
4. 경제적 합리성 입증자료 확보
   사이닝보너스 지급, 지분 부여, 출자금 상계 등 복합적 구조를 설계할 때는 사전에 회계법인, 세무법인 자문을 통해 ‘시장 관행’, ‘시가 평가 근거’, ‘경영상 목적’ 등을 명확히 문서화해두는 것이 좋다.
5. 이중과세 가능성 검토
   인력에게 지급된 사이닝보너스가 이미 근로소득으로 과세된 경우, 동일 금액이 다시 법인 이익으로 과세될 수 있어 이중과세 논점이 발생할 수 있다. 따라서 실제 납세 구조를 면밀히 점검해야 한다.

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결론

이번 조심 2024서0202 판례는 제3자 배정 유상증자와 부당행위계산부인 규정의 충돌을 보여주는 대표적 사례이다.
핵심은 “특수관계의 존재 여부”와 “경제적 합리성의 입증 가능성”이다.
계약이 존재하더라도, 실질적으로 이익이 분여되었다면 세법은 이를 부당행위로 본다.
따라서 인재 영입이나 경영권 안정화 목적의 지분 구조 설계 시에도 반드시 세법상 실질 요건을 고려해야 하며, 회계·법률 전문가의 사전 검토를 거치는 것이 바람직하다.

조세심판원은 형식보다 실질, 계약보다 이행을 중시한다.
이 사건은 향후 스타트업, 금융운용사, 투자회사 등에서 자주 등장할 수 있는 구조적 리스크에 대한 경고로 해석할 수 있다.