제3자 배정 유상증자 부당행위계산부인 - 특수관계 성립시점은? (조심 2024서0202)

💡 핵심 요약
설립 전 합의서가 있었더라도, 신주 납입 시점에 특수관계가 성립하면 액면가 유상증자는 부당행위계산부인 대상이 될 수 있다. 판단 기준은 '계약을 맺은 시점'이 아니라 '실제 이익이 분여되는 시점(주금 납입일)'이다. 인재 영입·경영권 안정이 목적이었더라도, 실질적으로 기존 주주에게 이익이 넘어갔다면 세법은 이를 부당행위로 본다.

 

 

서론

기업이 제3자 배정방식으로 유상증자를 실시할 때, 그 거래가 정상적인 자본거래인지 아니면 특수관계인 간 경제적 합리성이 결여된 부당거래인지는 세무 실무의 핵심 쟁점이다. 특히 사모운용사 설립, 스타트업 지분참여, 벤처투자회사 설립처럼 핵심 인력에게 지분을 부여하는 구조에서 이 문제가 자주 불거진다.

이번에 살펴볼 "조심 2024서0202(2025.07.31, 기각)"는 금융투자업 법인이 사모운용사를 신설하면서, 함께 운용할 핵심인력에게 사이닝보너스를 지급하고 유상증자로 주식을 액면가에 배정한 거래가 문제가 된 사건이다. 과세당국은 이를 경제적 합리성이 결여된 특수관계인 거래로 보아 부당행위계산부인을 적용했고, 청구법인은 불복해 심판을 청구했다.

이 사건은 하나의 유상증자 사례에 그치지 않는다. 법인세법상 특수관계의 범위, 행위 시점의 판단 기준, 경제적 합리성의 존재 여부라는 세 쟁점을 동시에 품고 있기 때문이다. 아래에서 사실관계, 판단 근거, 실무 시사점을 차례로 살펴본다.

 

1. 사건 개요

청구법인은 금융투자업을 주업으로 하는 법인으로, 전문사모운용사 설립을 위해 핵심인력들과 두 차례 합의서(1차·2차)를 체결했다. 합의서에는 핵심운용인력이 설립될 운용사 주식을 액면가로 인수한다는 내용이 담겼고, 청구법인은 이들에게 사이닝보너스를 지급했다. 이후 쟁점법인(운용사)이 실제로 제3자 배정방식 유상증자를 실시해 핵심인력이 주식을 인수했다.

그러나 과세관청은 이를 단순한 인재영입 목적의 경영행위로 보지 않았다. 조사 결과 드러난 다음 사실들이 근거가 되었다.

 

• 유상증자 당시 청구법인이 쟁점법인 지분을 100% 보유하고 있었다.
• 핵심인력들이 모두 쟁점법인의 임직원으로 재직 중이었다.
• 액면가 발행가액이 상증법상 평가액보다 높았다.

이를 근거로 과세관청은 해당 거래를 특수관계인 간 고가 유상증자로 판단했다. 그리고 청구법인이 핵심인력들로부터 이익을 분여받은 것으로 보아, 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) 및 시행령 제88조 제1항 제8호를 근거로 법인세를 추가 부과했다. 청구법인은 "단순한 경영 판단일 뿐 부당행위계산부인 요건에 해당하지 않는다"며 불복했다.

 

2. 쟁점별 판단 — 청구법인 vs 조세심판원

양측의 주장과 판단을 정리하면 다음과 같다.

쟁점청구법인 주장조세심판원 판단

특수관계 성립 시점	유상증자 조건은 쟁점법인 설립 전 이미 합의된 것으로, 당시엔 특수관계 없음	1차 합의서는 개인과의 계약일 뿐 쟁점법인은 당사자가 아님. 실제 납입 시점(2020.2.20.)엔 특수관계 성립
거래의 성격	사이닝보너스·액면가 유상증자는 인재 확보와 경영 안정을 위한 합리적 의사결정	사이닝보너스 지급 후 동일 인력에게 신주를 액면가 배정한 구조는 경제적 합리성이 결여된 이익 분여
최종 결과	—	청구 기각, 원처분(과세) 유지

조세심판원은 특히 1차 합의서에 법적 구속력을 인정하기 어렵고, 납입 시점에는 핵심인력이 이미 청구법인이 지배하는 쟁점법인의 임직원이었으므로 "법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호(현행 제8항 제7호)"상 특수관계에 해당한다고 보았다.

 

3. 법리 해석 및 해설

이 사건은 제3자 배정 유상증자가 부당행위계산부인으로 이어지는 구조를 잘 보여준다. 세 가지 축으로 나눠 살펴본다.

특수관계의 성립 시점

청구법인은 합의서 작성 시점에 특수관계가 없었다고 주장했다. 그러나 세법상 '행위 당시'는 계약 체결 시점이 아니라 이익이 분여되는 시점, 즉 신주 납입일을 기준으로 한다는 것이 대법원 판례와 심판례의 일관된 입장이다. 실제 유상증자 시점에 특수관계가 존재하면, 이전 계약이 언제 작성되었는지는 결정적이지 않다.

특수관계인의 범위

법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호(현행 제8항 제7호)는 "공정거래법상 기업집단에 속하는 법인과 그 임원"을 특수관계로 본다. 이 규정은 대기업집단에만 적용된다고 오해되기 쉽지만, 실무에서는 지배주주나 대표자가 동일한 중소기업·스타트업 구조에도 그대로 적용된다. 이 사건에서도 청구법인이 쟁점법인 지분을 100% 보유했으므로 양자는 동일 기업집단으로 판단되었고, 쟁점법인 임직원은 청구법인의 특수관계인으로 인정되었다.

경제적 합리성의 판단 기준

경제적 합리성은 거래 상대가 특수관계인이라는 이유만으로 부정되지 않는다. 그러나 사회통념상 정상적인 상거래 관행에서 벗어난 경우 — 합리적 평가절차 없이 액면가 발행을 강행하거나, 기업가치가 이미 상승한 상태에서 낮은 가격으로 지분을 부여하는 경우 — 는 부당행위로 본다. 심판원은 사이닝보너스 지급 → 동일 인력의 액면가 유상증자 참여라는 구조 자체가 기존 주주(청구법인)의 이익을 증가시켰다고 판단했다.

결국 이 사건은 세법이 문서의 형식이 아니라 거래의 실질을 기준으로 판단한다는 원칙을 분명히 보여준다.

 

4. 실무상 유의사항

1. 유상증자 시점의 평가액 검토 필수 — 유상증자 계획 시 반드시 상증법상 보충적 평가액을 산정한다. 액면가나 임의가로 발행할 경우 합리적 사유를 문서로 남겨야 한다.
2. 특수관계 여부의 사전 검토 — 상대방이 동일 기업집단 소속이거나 지배주주가 같으면, 그 임직원도 특수관계가 될 수 있다. 지분구조와 인사관계가 얽혔다면 사전에 시행령 기준으로 검토한다.
3. 행위 시점의 실질 중심 관리 — 부당행위계산부인은 '행위 당시'를 기준으로 하므로, 계약 체결일보다 주금 납입일을 중점 관리한다. 계약이 정교해도 이행 시점의 실질이 달라지면 과세 위험이 생긴다.
4. 경제적 합리성 입증자료 확보 — 사이닝보너스, 지분 부여, 출자금 상계 등 복합 구조를 설계할 때는 시장 관행·시가 평가 근거·경영상 목적을 사전에 문서화한다.
5. 이중과세 가능성 검토 — 사이닝보너스가 이미 근로소득으로 과세되었다면 동일 금액이 다시 법인 이익으로 과세될 수 있어, 실제 납세 구조를 면밀히 점검한다.

 

결론

조심 2024서0202은 제3자 배정 유상증자와 부당행위계산부인이 충돌하는 대표적 사례다. 핵심은 특수관계의 존재 여부와 경제적 합리성의 입증 가능성이며, 계약이 존재하더라도 실질적으로 이익이 분여되었다면 세법은 이를 부당행위로 본다.

따라서 인재 영입이나 경영권 안정을 위한 지분 구조를 설계할 때도 세법상 실질 요건을 반드시 고려하고, 회계·법률 전문가의 사전 검토를 거치는 것이 바람직하다. 이 사건은 스타트업·금융운용사·투자회사에서 반복될 수 있는 구조적 리스크에 대한 경고로 읽힌다.