[법인세] 생산성향상시설 투자세액공제의 적용범위

생산성향상시설 투자세액공제의 적용범위 — 투자금액에는 직접 대응 지출만 해당

(2025두32946 법인세경정거부처분취소)

1. 서론

기업의 생산성을 높이기 위한 투자활동은 국가 경제 전반의 경쟁력 강화와 직결된다. 이를 유도하기 위한 세제 지원 중 대표적인 것이 생산성향상시설 투자세액공제 제도다.
조세특례제한법에 근거한 이 제도는 기업이 자동화, 정보화, 효율화 설비 등 생산성 향상에 기여하는 시설을 취득할 경우, 그 투자금액의 일부를 세액에서 공제해 주는 방식으로 운용되고 있다.

하지만 실무에서는 하나의 난제가 존재한다.
바로 ‘투자금액’의 범위가 어디까지냐는 문제다.
설비를 취득하는 과정에서는 다양한 지출이 발생한다. 예를 들어 건설자금이자, 시운전 비용, 감리비, 관리비, 설계용역비 등이 있을 수 있다. 기업의 입장에서는 이들 모두가 시설 취득과 관련된 비용이라 생각하지만, 과세당국은 그중 일부만을 인정한다.

이러한 해석의 차이는 세액공제 규모에 직접적인 영향을 미친다.
결국 이번 대법원 판결(대법원 2025.8.14. 선고 2025두32946)은 이 논란에 종지부를 찍었다.
법원은 “생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만이 공제대상이다”라는 명확한 기준을 제시하며, 투자금액의 개념을 구체화했다.

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2. 사건 개요

이 사건의 원고는 제조업을 영위하는 내국법인으로, 자동화 설비 등 생산성향상시설을 직접 건설하여 도입하였다. 시설 건설 과정에서 원고는 다양한 비용을 지출했는데, 이 중에는

• 건설자금이자,
• 시운전비용,
• 건설소비,
• 관리 및 감리비 등
  이 포함되어 있었다.

법인은 해당 지출들이 모두 시설의 취득과 밀접한 관련이 있다고 판단하여, 이를 ‘투자금액’에 포함해 세액공제를 신청했다.
그 근거로는 구 법인세법 제41조 제1항 제2호를 제시했다.
해당 조항은 자산의 취득가액을 산정할 때 “제작원가에 부대비용을 더한 금액”으로 정의하고 있었기 때문이다. 즉, 시설을 제작하거나 취득하기 위해 직접 또는 간접적으로 발생한 모든 비용을 취득가액에 포함할 수 있다는 논리였다.

그러나 과세당국의 입장은 달랐다.
조세특례제한법은 일반적인 회계기준이나 법인세법상의 원가 개념과는 달리, 정책적 목적을 위한 특례법이므로 동일한 해석이 불가하다는 것이다.
특히 조특법 제24조(생산성향상시설 투자세액공제)는 세제상 혜택을 주는 규정이므로, 그 적용 범위는 엄격히 해석되어야 한다고 주장했다.

결국 과세당국은 일부 비용만 공제대상으로 인정했고, 나머지 금액에 대한 세액공제 환급을 거부했다.
이에 법인은 불복 소송을 제기하며, “세액공제 대상 투자금액의 범위는 자산의 취득가액과 동일하게 봐야 한다”고 주장했다.

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3. 대법원의 판단 요지

대법원은 이번 사건에서 ‘정책적 특례의 제한적 해석’ 원칙을 명확히 재확인했다.
조세특례제한법은 조세평등의 원칙에 대한 예외로서 특정한 산업이나 경제활동을 지원하기 위해 마련된 제도이므로, 그 적용 범위는 엄격히 해석되어야 한다는 것이다.

(1) 세액공제의 취지와 한정적 적용

대법원은 우선 조특법 제24조의 입법취지를 분석했다.
이 제도는 “기업의 생산성 향상과 경쟁력 제고를 위해 생산성향상시설에 대한 투자를 촉진”하는 것이 목적이다.
따라서 이 목적을 달성하기 위해 필요한 범위 내에서만 세제 혜택을 인정해야 하며, 그 목적과 무관한 지출까지 포함시킨다면 제도의 본래 취지가 훼손된다고 보았다.

즉, 정책적 목적을 위한 세제 혜택은 ‘포괄적 혜택’이 아니라 ‘목적 달성형 제한적 혜택’으로 해석해야 한다는 것이다.

(2) 투자금액의 범위

대법원은 “생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만 공제대상”이라고 판단했다.
여기서 ‘직접적으로 대응’이란, 그 비용이 시설의 취득과정에서 불가피하게 발생했으며, 그 지출이 없었다면 해당 시설을 취득하는 것이 불가능하거나 현저히 곤란했음을 의미한다.

반면, 단지 취득 과정에서 부수적으로 발생한 비용이거나, 취득과 간접적으로만 관련된 지출은 공제대상에서 제외된다고 명시했다.

(3) 판단 기준의 구체화

대법원은 투자금액 해당 여부를 판단할 때 고려해야 할 구체적인 요소도 제시했다.
① 해당 지출이 생산성향상시설 취득을 위한 의도에서 이루어진 것인지,
② 그 지출이 없었다면 자산의 취득이 사실상 불가능했는지,
③ 지출 내역이 계약서·회계자료 등 객관적 자료로 구분되는지,
④ 그 구분기준이 합리적이고 신뢰성 있는지 등을 종합적으로 검토해야 한다고 밝혔다.

(4) 법인세법과 조특법의 목적 차이

원고는 법인세법의 자산취득가액 개념을 근거로 들었으나, 대법원은 이를 명확히 부정했다.
법인세법은 과세표준 산정을 위한 회계적 개념을 다루는 반면, 조세특례제한법은 국가정책적 목적을 실현하기 위한 법률이다.
따라서 두 법률의 용어가 유사하더라도 입법목적이 다르기 때문에 동일한 의미로 해석할 수 없다고 판시했다.

결과적으로 대법원은 건설자금이자와 시운전비 중 일부만 세액공제 대상에 포함된다고 보았고, 나머지 지출은 공제대상에서 제외된다고 판결했다.

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4. 법리 해설

이 판결은 세액공제의 실질적 범위를 명확히 한 결정적 판례다.
그동안 실무에서는 “시설 취득을 위한 모든 지출을 공제대상으로 포함시킬 수 있는가”라는 논란이 계속되어 왔다.

(1) 조세특례의 법적 성격

조세특례제한법은 일반적인 조세원칙의 예외다.
세금은 본래 조세평등의 원칙에 따라 공평하게 부과되어야 하지만, 국가가 특정 산업을 육성하거나 경기 부양을 위해 필요하다고 판단할 때, 한시적·정책적으로 세금 부담을 줄여주는 것이 바로 ‘특례’다.
따라서 특례의 적용은 엄격해야 하며, 법문에 근거하지 않은 확장은 허용되지 않는다.

(2) 직접적 대응비용의 개념

여기서 ‘직접적으로 대응하는 지출’이란, 설비의 물리적 취득과 즉각적으로 연관된 비용을 의미한다.
예를 들어 설비를 제작·설치하기 위한 원재료비, 공사비, 운송비 등은 명백한 직접비용이다.
반면 설계변경, 컨설팅, 프로젝트 관리비용 등은 설비 취득의 전제조건이긴 하지만 직접적으로 대응한다고 보기 어렵다.

(3) 회계적 원가 개념과의 차이

회계상 취득가액에는 부대비용이 포함될 수 있지만, 세액공제는 회계적 원가와 동일선상에 놓일 수 없다.
세액공제는 ‘회계적 측정’이 아니라 ‘정책적 지원’이기 때문이다.
즉, 회계적 비용은 인식의 문제이고, 세액공제 비용은 정책적 타당성의 문제다.

(4) 실질과세원칙과의 관계

흥미롭게도 이번 판결은 실질과세원칙과 정면 충돌하지 않는다.
실질과세원칙은 명목보다 실질에 따라 과세해야 한다는 원칙이지만, 조세특례는 오히려 명시된 정책 목적에 따라 한정적으로 해석해야 하기 때문이다.
결국 세액공제의 범위는 ‘실질에 따른 확장’이 아니라 ‘정책 목적에 따른 축소해석’이 원칙이 된다.

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5. 실무상 시사점

이번 판결은 기업의 세무조정 실무에 즉각적인 영향을 미친다.
특히 다음 세 가지 측면에서 중요한 시사점을 던진다.

(1) 증빙자료의 구체화

세액공제 대상 지출임을 입증하기 위해서는 단순 회계자료로는 부족하다.
계약서, 공정명세서, 회계분개 내역 등에서 해당 비용이 실제로 생산성향상시설 취득에 직접 대응하는 지출임을 명확히 구분해야 한다.
향후 세무조사 시, 이 구분이 불분명하면 과세당국은 간접비용으로 판단할 가능성이 높다.

(2) 투자 프로젝트의 예산 설계

투자 초기 단계에서부터 세액공제 가능성을 염두에 두고 예산 항목을 설계해야 한다.
예를 들어, 동일 프로젝트 내에서도 공사비와 관리비, 시운전비를 세분화하여 계약 단계부터 “직접비용”으로 표시해 두면 분쟁의 소지가 줄어든다.

(3) 다른 세액공제 제도에의 확장 가능성

이번 판결은 생산성향상시설 투자세액공제에 국한되지 않는다.
연구·인력개발(R&D) 세액공제, 환경개선시설 세액공제, 에너지절감시설 세액공제 등도 모두 “투자금액”을 기준으로 하고 있기 때문이다.
따라서 모든 투자세액공제 제도에서 동일한 논리가 적용될 가능성이 높다.

(4) 세무 리스크 관리

만약 기업이 과거에 간접비용을 포함하여 세액공제를 적용받았다면, 향후 세무조사 시 이를 부인당할 위험이 있다.
이 경우, 부당공제로 간주되어 추가세액과 가산세가 부과될 수 있으므로, 관련 비용의 세액공제 적용 범위를 재점검할 필요가 있다.

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6. 결론

생산성향상시설 투자세액공제 제도는 기업의 경쟁력 강화를 위해 만들어진 정책적 세제지원이지만,
이번 판결을 통해 세제지원의 적용 범위가 명확히 좁혀졌다.
세액공제는 단순히 세금 부담을 줄이는 장치가 아니라, 정책 목표를 달성하기 위한 수단이기 때문이다.

결국 기업이 세액공제를 신청할 때는 회계상의 취득비용 개념이 아닌, 정책적 목적에 부합하는 ‘직접투자비용’ 중심의 판단이 필요하다.
이번 판례는 향후 기업들이 세액공제 항목을 설계하고 세무 리스크를 관리하는 데 중요한 기준점이 될 것이다.