[법인세] 면세사업 관련 매입세액을 경정청구로 환급받았을 때 법인세법상 귀속시기

1. 사건 개요

본 사건은 한 법인이 면세사업 관련 매입세액으로 오인하여 불공제 처리한 금액(쟁점매입세액)을 이후 경정청구를 통하여 환급받은 경우, 그 환급액을 어느 사업연도의 익금에 산입해야 하는지가 문제 된 사안이다.

 

문서보기 면세사업 관련 매입세액으로 보아 종전 사업연도에 손금산입하였던 쟁점금액을 추후에 경정청구를 통해 환급받는 경우, 쟁점금액의 「법인세법」상 익금 귀속시기를 ‘환급 결정일이 속하는 사업연도’로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

문서보기 면세사업 관련 매입세액으로 보아 종전 사업연도에 손금산입하였던 쟁점금액을 추후

 

 

청구법인은 2015~2017 사업연도 동안 일부 매입세액을 면세 관련 매입세액으로 오인하여 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않았고, 이에 따라 부가가치세를 과다 납부하였다. 이후 청구법인은 해당 매입세액이 실제로는 과세사업 관련 매입세액이었다는 사실을 확인해 경정청구를 하였고 환급을 받았다.

 

청구법인은 부가가치세 환급 시점인 2018 사업연도에 쟁점매입세액을 익금으로 반영하여 신고하였다. 그러나 이후 청구법인은 부가세 처리와 법인세 손금처리가 일치하지 않았음을 인지하고, 2015~2017 사업연도 법인세를 수정신고하여 당초 손금산입한 금액을 손금불산입으로 조정하였다. 동시에 2018 사업연도 법인세 신고에서 환급액을 익금불산입으로 경정청구하였다.

 

반면 과세관청은 국세청 예규와 법인세법 기본통칙을 근거로 환급결정일이 속하는 사업연도(2018)가 환급액의 익금 귀속시기라고 보았고 경정청구를 거부하였다. 이에 대해 조세심판원은 환급액이 실질적으로 순자산 증가를 초래하지 않았다는 점을 이유로 과세관청의 처분을 취소하였다(조심 2024서 4862, 2025.5.14).

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2. 판례 요약

■ 쟁점: 환급받은 매입세액은 언제 익금으로 귀속되는가?

• 청구법인은 2015~2017년에 면세사업 관련 매입세액이라고 오인하여 부가가치세를 과다 신고하고 법인세 신고 시 해당 금액을 손금산입하였다.
• 이후 과세사업 관련 매입세액임을 확인하여 부가가치세 경정청구 → 환급을 받았다.
• 청구법인은 환급받은 연도(2018)에 익금산입하였다가, 뒤늦게 오류를 발견하고 2015~2017사업연도 법인세를 수정신고하여 손금불산입으로 조정하였다.

■ 과세관청의 입장

• 예규(사전-2019-법령해석법인-0463)와 기본통칙 40-71…24에 따라
  “환급결정일이 속하는 사업연도”가 익금 귀속시기라고 주장
• 따라서 환급액은 2018사업연도 익금으로 보아야 한다고 판단하여 경정청구를 거부

■ 조세심판원의 판단

• 쟁점매입세액 환급은 순자산 증가를 가져오지 않는다고 보았음
• 불공제 처리 자체가 착오였으며, 경정·수정신고를 통해 과세표준을 바로잡은 행위는
  각 세법에 부합하는 정정 절차
• 환급액은 익금에 해당하지 않는다고 판단
• 따라서 환급결정일(2018) 익금으로 보는 과세관청의 처분은 잘못

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3. 법리해석 및 판례 해설

1) 매입세액 환급은 실질적으로 ‘조세채권의 자산대체’에 불과

청구법인은 초기 부가가치세 신고에서 매입세액을 과세사업 관련으로 공제했어야 하나, 이를 면세 관련으로 오인해 불공제 처리하였다. 이로 인해 자산으로 인식되었어야 할 조세채권이 과세당국에 과다 납부된 형태로 존재하게 된 것이다. 경정청구를 통해 환급받은 금액은 본질적으로 과다 납부한 조세액의 반환이므로, 기업 회계상 기존의 조세채권이 현금으로 변환된 것에 불과하다.

따라서 이에 따른 순자산의 증가가 발생하지 않으며, 이는 법인세법상 익금의 개념에 부합하지 않는다.

2) 법인세법 제21조의 구조적 관점

법인세법 제21조는 부가가치세 매입세액 중 공제되는 매입세액을 손금불산입하도록 규정한다.
이 조항의 취지는 부가가치세는 소비세적 성격을 가지므로 법인세 과세소득 결정에 영향을 주지 않도록 하기 위한 것이다.

본 건에서 매입세액이 당초부터 공제 가능했음에도 착오로 공제받지 못한 경우라면, 해당 매입세액은 손금으로 처리될 수 없는 항목이다. 청구법인이 2015~2017사업연도 신고를 수정하며 손금불산입으로 정정한 것은 이러한 법 규정에 정확히 부합한다.

3) 경정청구와 수정신고의 기능적 역할

국세기본법은 납세자가 착오·누락을 바로잡을 수 있는 절차로 경정청구 및 수정신고 제도를 두고 있다.
청구법인은 이 제도에 따라

• 부가세 경정청구를 통해 과다납부된 부가세를 환급받고
• 법인세 수정신고를 통해 손금산입 오류를 손금불산입으로 조정하였다.

이 과정은 조세법 질서에 부합하며, 환급액을 별도의 신규 소득(익금)으로 보기는 어렵다.

4) 과세관청 예규의 적용 범위 한계

과세관청은 예규(사전-2019-법령해석법인-0463)를 근거로 환급 시점을 귀속시기로 보았지만,
해당 예규는 공통매입세액의 과다납부 환급이라는 별도의 사실관계에 기초한다.

본 사건과 같이

• 당초 불공제는 착오였고
• 매입세액은 원래 손금불산입이었고
• 환급은 기존 조세채권의 현금 대체일 뿐이며
• 기업 순자산이 증가하지 않는다면

예규를 그대로 적용하기 어렵다.
이 점을 조세심판원이 명확히 지적했다.

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4. 실무상 유의사항

1) 부가가치세·법인세 간 매입세액 처리 일관성 유지

매입세액 공제 여부는 부가세와 법인세 신고에 모두 관련된다.

• 공제되는 매입세액 → 법인세 손금불산입
• 공제되지 않는 매입세액 → 법인세 손금산입
  처리 불일치가 발생하면 추후 경정청구나 세무조사에서 문제 될 수 있다.

2) 착오로 불공제한 매입세액은 환급 시 익금이 아님

심판례는 환급액이 순자산 증가를 초래하지 않으면 익금이 아니다라고 명확히 보았다.
이는 앞으로 유사 분쟁에서 중요한 기준이 된다.

3) 예규는 사실관계에 따라 적용 범위가 좁게 해석될 수 있음

예규·기본통칙 등을 기계적으로 적용하기보다는
“해당 매입세액이 처음부터 공제대상인지”,
“손금 산입 또는 불산입이 정당했는지”
등의 실질 판단이 필요하다.

4) 경정청구·수정신고의 적정 활용

착오가 있었던 사업연도에 법인세를 수정신고하는 것이 원칙적으로 유리하며,
불필요하게 환급연도에 익금을 인식하는 오류를 피해야 한다.

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5. 결론

본 사건은 착오로 불공제한 매입세액을 환급받았다고 해서 해당 금액이 환급연도의 익금에 해당하는 것은 아니다는 점을 명확히 했다.
매입세액은 당초부터 공제대상이었고, 환급은 단순히 조세채권이 현금으로 대체된 것에 불과하므로 기업의 순자산 증가가 없다. 따라서 익금 요건에 해당하지 않는다.

이는 매입세액 처리, 수정신고·경정청구 활용, 세무상 귀속시기 판단에서 매우 중요한 기준이며, 실무에서는 매입세액의 성격과 회계·세법상 처리 일관성을 반드시 점검해야 한다.