[세무조사] 세무조사 결과를 통지기한을 넘겨서 통지한 경우 과세처분의 효력

1. 사건 개요

세무조사는 과세의 공정성을 확보하고 탈루를 방지하기 위한 행정행위이지만,
동시에 납세자의 권리와 재산에 직접적인 영향을 미치는 절차이기도 하다.
따라서 「국세기본법」은 세무조사의 개시부터 종료까지의 절차를 명확히 규정하고 있으며,
특히 세무공무원이 세무조사를 마친 경우에는 조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사 결과를 서면으로 통지해야 한다고 규정하고 있다(국세기본법 제81조의12).

 

이 규정은 단순한 행정 편의가 아니라 납세자의 방어권 보장을 위한 필수적인 절차이다.

이 사건에서 납세자(원고)는 증여세 세무조사를 받았으며, 세무조사는 2018년 12월 14일에 종료되었다.

 

하지만 관할 세무서(피고)는 2019년 1월 14일, 즉 통지기한을 11일 경과한 후에 세무조사 결과를 서면으로 통지하였으며 이후 세무서는 해당 조사 결과를 근거로 증여세를 부과하였다.

 

이에 원고는 “세무공무원이 법정 통지기한을 초과하여 세무조사 결과를 통지한 것은
절차상 중대한 하자에 해당하므로, 그 결과에 기초한 과세처분은 위법하다”라고 주장하였다.

 

반면 피고는 “비록 통지기한을 약간 넘겼으나, 납세자에게 과세전적부심사 등의
불복 절차가 충분히 보장되었고, 실질적인 불이익이 발생하지 않았으므로
이는 취소 사유가 아닌 단순한 경미한 하자에 불과하다”라고 항변하였다.

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2. 법원의 판단 요지

서울고등법원은 2024년 11월 14일 선고(2023누 64999)에서 납세자의 주장을 받아들였다.
법원은 국세기본법 제81조의12가 명시적으로
“세무공무원은 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사 결과를 서면으로 통지해야 한다”라고 규정하고 있다는 점을 근거로,
이 조항이 단순한 행정 지침이 아니라 납세자의 절차적 권리 보장을 위한 강행규정이라고 판단하였다.

 

따라서 이 통지기한을 넘겨서 결과를 통지한 경우에는 그 세무조사 자체가 적법 절차를 위반한 것이 되고,
그 조사결과에 근거하여 이루어진 과세처분은 절차상 중대한 하자로 인해 위법하다고 판시하였다.

 

피고는 통지기한 경과가 불가피한 사정에 따른 것이고,
통지 후에도 납세자는 충분히 의견 제출 및 불복의 기회를 보장받았다고 주장했으나,
법원은 “세무조사 결과통지 절차는 세무공무원의 재량이 아니라 의무이며,
그 기한은 납세자의 권리 보호를 위해 설정된 법정 기한이므로
그 준수 여부가 과세처분의 적법성에 직접적인 영향을 미친다”라고 밝혔다.

 

즉, 납세자가 실질적 불이익을 입었는지 여부와 관계없이,
법정 통지기한의 위반은 그 자체로 절차적 정당성을 훼손하는 중대한 하자에 해당한다는 것이다.

 

이후 피고가 상고하였으나, 대법원(2025.4.3. 선고, 2024두66839)은 심리불속행으로 상고를 기각함으로써 원심 판결을 확정하였다.

 

따라서 본 사건은 세무조사 결과통지기한 위반이 과세처분 취소 사유가 된다는 점을
최종적으로 명확히 한 판례로 자리 잡게 되었다.

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3. 법리 해석 및 쟁점 분석

(1) 세무조사 결과통지의 법적 성격

세무조사 결과통지는 세무조사 절차의 종결을 의미하는 행위로써,
납세자가 자신의 세무조사 결과를 확인하고 방어할 기회를 갖게 하는 중요한 권리보장 절차이다.
이는 단순한 형식 요건이 아니라 적법절차 원칙(헌법 제12조 제1항)의 구체적 실현 수단으로 이해된다.

 

세무조사 결과통지는 단지 결과를 통보하는 절차가 아니라, 그 과정에서 납세자가 과세근거의 타당성을 검토하고 과세전적부심사나 이의신청 등 불복 절차를 준비할 수 있는 최소한의 시간을 확보하는 기능을 가진다.
따라서 그 기한을 지키지 않은 채 세무조사 결과를 늦게 통지하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로 본다.

(2) 통지기한 위반의 법적 효과

과거 판례에서는 세무조사 과정에서 절차 위반이 있더라도
그 하자가 “경미한 것”이라면 과세처분 자체를 취소할 필요는 없다는 입장을 보이기도 했다.
그러나 이번 사건에서 법원은 세무조사 결과통지기한 위반을 “경미한 하자”로 볼 수 없다고 보았다.

 

그 이유는 다음과 같다.

 

첫째, 세무조사 통지기한은 세무공무원이 임의로 연장할 수 없으며,
이는 납세자의 권리보호를 위한 기속적 의무이다.

 

둘째, 통지기한의 경과는 세무조사기간을 사실상 연장하는 효과를 가져오며,
그 자체로 납세자에게 부당한 조사기간의 확대를 초래한다.

 

셋째, 세무조사 결과통지가 지연되면 납세자는
세무조사 종료 후의 신속한 불복 절차 준비에 어려움을 겪게 되며,
이는 실질적인 방어권 침해로 이어진다.

 

따라서 법원은 통지기한을 넘겨 통지한 세무조사는 그 결과에 기초한 과세처분 역시 위법하다고 보았다.

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4. 실무상 시사점

이번 판결은 세무조사 절차의 형식적 요건이 아니라
납세자의 절차적 권리 보호라는 실질적 가치를 강조한 점에서 의미가 크다.
특히 다음과 같은 실무적 함의가 있다.

 

(1) 조사기한 및 통지기한의 철저한 관리 필요성
과세관청은 조사개시일, 조사종결일, 통지기한을 명확히 기록·관리해야 하며,
정당한 사유 없이 통지기한을 초과할 경우 과세처분이 무효화될 수 있다.
조사 공무원의 단순한 업무지연이라 하더라도, 그 하자는 중대한 위법으로 평가될 수 있다.

 

(2) 납세자의 권리 행사 강화
납세자는 세무조사 종료 후 통지서 수령일자를 반드시 확인해야 하며,
통지기한(조사종료일로부터 20일)이 경과된 경우 해당 세무조사에 기초한 과세처분의 적법성을 다툴 수 있다.
특히 과세전적부심사나 이의신청 단계에서 세무조사 절차 위반을 적극적으로 주장하는 것이 중요하다.

 

(3) 세무조사 연장과의 구분
일부 세무서는 조사기한 연장을 통해 통지기한을 사실상 늘리는 관행이 있으나,
조사기한 연장은 법정 요건(납세협조 부족, 새로운 탈루혐의 발견 등)에 해당할 때만 가능하다.
이번 판결은 세무조사 결과통지기한을 별도의 독립된 절차로 보고,
그 위반을 단순한 내부 행정상의 착오가 아닌 과세처분의 효력 자체를 부정하는 중대한 절차위반으로 판단했다.

 

(4) 향후 국세청의 대응 변화 예상
이번 대법원 확정판결 이후 국세청은 세무조사 결과통지기한 준수 여부에 대한 내부 점검을 강화할 것으로 보인다.
또한 세무조사결과통지 규정에 대해 기한 연장이나 예외적 사유를 명시하는 방향으로 법령 정비가 논의될 가능성도 있다.

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5. 결론

이번 판결(대법원 2025.4.3. 선고 2024두66839)은
세무조사 결과통지기한 위반이 과세처분의 효력에 미치는 영향을 명확히 한 첫 사례로서,
세무행정 전반에 경각심을 주는 의미 있는 판결이다.

 

세무조사 결과통지는 납세자에게 세무조사 결과를 알리고
방어 기회를 보장하는 중요한 절차이므로, 그 통지기한은 단순한 행정 편의의 기준이 아니라
헌법상 적법절차의 실현 장치로 해석되어야 한다.

 

결국, 이번 사건에서 법원은 “조사결과 통지기한을 준수하지 않은 세무조사에 근거한 과세처분은
그 실체적 정당성과 관계없이 위법하다”라고 명확히 판단하였다.
이는 세무조사 절차의 법적 통제를 강화하고, 납세자 권리보호의 실질화를 한층 진전시킨 판결로 평가된다.