[지방세] 회생법인의 주식 취득 시 과점주주 요건

회생법인의 주식을 취득한 경우 과점주주로 볼 수 있을까?

1. 서론

(1) 주제의 배경
지방세법은 비상장법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 경우, 그 과점주주가 해당 법인의 부동산, 차량, 기계장비 등 취득세 과세대상 자산을 간접적으로 지배하게 된 것으로 보아 ‘간주취득세’를 부과하도록 규정하고 있다.
이는 형식적으로는 주식의 취득에 불과하더라도, 실질적으로는 법인의 자산을 지배하는 경제적 효과가 발생하기 때문에 이를 부동산 등의 간접 취득으로 본다는 취지다.

 

그런데 최근 기업 회생절차가 진행 중인 회생법인의 주식을 인수하는 투자자들이 늘면서, 이 경우에도 과점주주로 보아 간주취득세를 과세할 수 있는지가 새로운 쟁점으로 떠오르고 있다.
회생절차에서는 법원의 관리 아래 채권자, 회생담보권자, 주주 등의 권리가 제한되고, 경영권이 관리인에게 귀속되므로 주식을 취득하더라도 실질적인 지배권을 행사할 수 없는 상태가 일반적이다.

 

(2) 과점주주 과세의 취지와 문제의식
지방세법상 과점주주 규정은 실질과세의 원칙에 따라, 법인의 실질적 지배자가 해당 법인의 자산을 취득한 것과 동일한 경제적 효과를 누리는 경우 과세형평을 확보하기 위한 장치다.
하지만 회생법인처럼 법원이 직접 경영을 통제하고 주주의 권리가 제한된 상황에서 주식을 취득한 경우, 단순히 지분율 50%를 초과했다는 이유만으로 실질 지배력을 인정할 수 있을지는 의문이다.

 

이번에 행정안전부가 제시한 유권해석은 이러한 문제의식 속에서, 형식적 요건을 충족하더라도 실질적 지배력이 없다면 과점주주로 보기 어렵다는 판단을 명확히 하여 실무상 중요한 전환점을 마련했다.

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2. 본론

(1) 사건 개요
2025년 8월 4일, 행정안전부는 “회생계획에 따라 회생법인의 주식을 100% 취득한 경우 과점주주에 해당하는지 여부”에 대한 질의에 대해 공식 회신(부동산세제과-2147)을 내렸다.

해당 사례는 채권자회생절차에 따라 회생계획이 인가된 A회사가 있었고, 회생계획 이행 과정에서 투자자가 신주를 인수하여 A회사 발행주식 전부(100%)를 취득하게 된 상황이었다.
과세관청은 형식상 주식 100%를 보유하므로 과점주주가 되었다고 판단하고 간주취득세를 부과하였으나, 투자자는 회생절차 하에서는 경영권 행사나 자산 처분권이 제한되어 있으므로 실질적 지배력이 없다고 주장하였다.

 

(2) 과점주주의 법적 요건
지방세기본법 제47조 제2항은 “과점주주라 함은 해당 법인의 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하여 실질적으로 주주권을 행사할 수 있는 자”라고 규정한다.
즉, 단순히 지분율이 50%를 넘는다는 형식적 요건만으로는 부족하며, 그 지분을 통해 경영 의사결정이나 재산 처분 등에 실질적 영향력을 행사할 수 있어야 과점주주로 본다.

실무에서는 과세관청이 형식적 요건을 중시해 지분율 50% 초과만으로 과점주주로 판단하는 경우가 많았지만, 대법원은 꾸준히 실질적 지배력 요건을 강조해왔다.

예컨대, 대법원은 “형식상 주식 보유비율이 50%를 초과하더라도, 주주권 행사에 제한이 있거나 실질적으로 경영을 지배할 수 없는 경우에는 과점주주로 보기 어렵다”(대법원 2017두56187, 2019.10.17.)고 판시한 바 있다.

 

(3) 회생절차에서의 실질 지배력 판단
회생절차가 개시되면, 회생법인은 법원의 관리 아래 경영이 이루어지고, 대표이사는 법원에 의해 지정된 관리인으로 대체된다.
또한 기존 주주의 의결권은 회생계획에 따라 제한되거나 소멸할 수 있고, 회생계획의 내용에 따라 신주를 인수한 투자자도 일정 기간 동안 주요 의사결정에 참여할 수 없는 경우가 많다.

따라서 회생법인의 주식을 100% 취득하더라도, 법원 관리 아래에서는 사실상 경영권을 행사하거나 자산을 처분할 수 있는 실질적 권한이 존재하지 않는다.

행정안전부는 이러한 회생절차의 특수성을 감안하여, “형식상 100% 지분 취득이라도 실질적으로 주주권을 행사할 수 없는 경우에는 과점주주로 볼 수 없다”고 해석하였다.

이는 지방세기본법상 과점주주의 정의와도 부합한다. 즉, 실질적 주주권 행사 가능성이 없는 상태에서는 과점주주로 인정될 수 없으며, 따라서 간주취득세 납세의무 또한 성립하지 않는다.

 

(4) 행안부 해석의 핵심 내용
행정안전부는 이번 해석에서 다음과 같은 논리를 제시했다.
① 과점주주로 보려면 주식 소유비율이 50%를 초과할 뿐 아니라 주주권을 실질적으로 행사할 수 있어야 한다.
② 회생법인은 법원의 관리 아래 경영되고, 관리인이 자산의 처분과 주요 경영사항을 결정하므로, 신주를 인수한 자가 주식을 100% 보유하더라도 실질적인 지배력을 행사하기 어렵다.
③ 따라서 회생법인의 주식을 취득한 자는 형식상 과점주주에 해당하더라도, 실질적으로는 과점주주로 볼 수 없으며 간주취득세 납세의무가 발생하지 않는다.

 

이 해석은 기존 과세관청의 입장과 뚜렷한 차이를 보인다. 과세관청은 통상 지분율 기준만으로 판단하였지만, 행안부는 실질적 지배력 행사 가능성을 중심으로 법리를 해석한 것이다.

 

(5) 판례 및 실무상 시사점
이번 유권해석은 대법원의 기존 판례와 궤를 같이 한다. 대법원은 이미 “과점주주 여부는 주식 보유비율뿐만 아니라 경영 지배력의 실질 유무를 종합적으로 판단해야 한다”(대법원 2009두23662, 2012.1.12.)고 판시한 바 있으며,
이는 과세의 실질적 정당성을 확보하기 위한 기본 원칙으로 기능하고 있다.

실무상 이번 해석은 다음과 같은 세 가지 의미를 가진다.
① 회생절차 중 신주를 인수하는 투자자의 세무 리스크를 완화한다. 즉, 단순히 지분율 50% 초과라는 이유로 간주취득세가 부과되는 위험이 줄어든다.
② 과세관청이 과점주주 판단 시 “지분율”과 “실질 지배력”을 병행 검토해야 한다는 점을 명확히 하여, 법 집행의 일관성을 강화한다.
③ 향후 M&A나 회생투자 구조 설계 시, 회생법인의 특수한 법적 지위와 절차적 통제를 고려해야 함을 시사한다.

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3. 결론

(1) 실무상 유의사항
이번 행안부 유권해석은 회생법인 투자 구조를 설계하는 세무·법무 전문가들에게 중요한 기준을 제시한다.
회생절차 개시로 인해 경영권이 법원과 관리인에게 귀속되는 경우, 주식 취득자가 형식상 과점주주라 하더라도 실질적 지배권 부재를 입증하면 과세를 피할 수 있다.

 

다만, 회생계획 인가 이후 일정 기간이 지나 관리권이 투자자에게 이전된다면 그 시점부터는 과점주주로 인정될 여지가 있으므로, 회생계획 단계별 권리관계를 명확히 문서화할 필요가 있다.

또한, 과세관청은 단순 지분율에 기초한 기계적 과세 대신, 회생절차의 실질, 법원의 관리 여부, 주주권 행사 가능성 등을 종합적으로 검토해야 한다.

기업 입장에서는 회생투자 계약 체결 시 과점주주 요건 충족 가능성을 미리 검토하고, 세무상 리스크를 최소화하는 방안을 마련해야 한다.

 

(2) 제도 개선 방향
이번 해석은 지방세법령상 과점주주 제도의 본래 취지인 “실질적 지배력 기준의 과세”를 재확인한 것으로 평가된다.
다만, 여전히 실무에서는 과점주주 판단 기준이 지방자치단체별로 상이하고, 과세관청의 판단 자의성이 존재한다는 지적이 있다.
따라서 향후에는 지분율 기준뿐 아니라 지배력, 의결권 행사 가능성, 법적 제한 요인 등을 종합적으로 고려한 표준화된 판단기준이 제시될 필요가 있다.

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