[지방세] 집합투자업자 과점주주 간주취득세 납세의무 성립 여부

집합투자업자의 신탁 지분 취득 시 과점주주 간주취득세 납세의무 성립 여부

1. 서론

(1) 주제의 배경
과점주주 간주취득세는 지방세법상 법인의 주식이나 지분을 일정 비율 이상 보유한 주주가 그 법인의 자산을 사실상 지배한다고 보고, 주식의 취득을 부동산의 간접 취득으로 간주하여 과세하는 제도다. 본 제도는 실질과세원칙에 근거하여, 형식상 주식 거래일지라도 그 결과 법인의 부동산 지배권이 이전되는 경우 세금을 부과함으로써 조세회피를 방지하고자 한다.

 

최근 대법원은 집합투자업자가 신탁업자를 통하여 부동산투자회사의 주식을 각각 50%씩 취득한 경우에도, 그 실질이 부동산투자회사를 지배하는 행위에 해당한다면 과점주주 간주취득세의 납세의무가 성립한다고 판시하였다(대법원 2024두65126, 2025.3.27. 심리불속행).

 

(2) 쟁점의 중요성
이번 판결의 핵심은 ‘형식적 주주’와 ‘실질적 주주’의 구분에 있다. 즉, 법률상 명의상 주주는 신탁업자이지만, 실질적으로 주식을 보유하고 이익을 향유하는 자가 집합투자업자라면 세법상 납세의무를 부담해야 하는지 여부가 문제다. 이 판례는 부동산신탁 및 집합투자구조에서 과세의 실질을 어디까지 확장할 것인지에 대한 기준을 제시했다는 점에서 의미가 크다.

 

또한 이번 판례는 “조세법상 실질과세 원칙이 신탁 구조 내에서도 동일하게 적용될 수 있다”는 점을 명확히 하였다는 점에서, 향후 부동산펀드나 리츠(REITs) 등에서 신탁업자를 통한 간접투자 구조를 설계할 때 중요한 참고판례가 될 것이다.

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2. 본론

(1) 사건 개요
집합투자업자인 원고는 부동산투자회사의 발행주식을 취득하기 위해 신탁업자 A, B를 통하여 각각 50%씩 주식을 인수하였다. 이 과정에서 기존 주주의 주식은 전액 유상감자되었고, 신탁업자들이 참여한 유상증자만 남게 되었다. 결과적으로 신탁업자 A, B가 명의상 과점주주로 등재되었으나, 실제 자금의 출처와 경제적 이익은 집합투자업자에게 귀속되었다.

 

과세관청은 이러한 거래가 실질적으로 집합투자업자가 부동산투자회사를 지배하게 된 것으로 보아, 집합투자업자에게 과점주주 간주취득세를 부과하였다. 이에 원고는 자신은 법적 주주가 아니며, 신탁업자들이 독립적으로 주식을 보유한 것이므로 과세대상이 될 수 없다고 주장했다.

 

(2) 주요 쟁점
쟁점은 두 가지로 요약된다.
① 신탁 구조에서 명의상 주주인 신탁업자가 아닌 집합투자업자를 실질적 주주로 볼 수 있는지 여부
② 유상증자와 기존 주주의 유상감자가 동시에 이루어진 경우, 이를 단일한 ‘주식 취득행위’로 보아 간주취득세 과세대상으로 볼 수 있는지 여부

 

기존에는 신탁업자가 주주명부상 명의인이므로 집합투자업자는 형식상 주주로 보지 않았고, 이에 따라 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립하지 않는다는 해석이 일부 있었다. 그러나 조세회피 가능성이 제기되면서 실질과세원칙을 강화하는 방향으로 해석이 변화하고 있었다.

 

(3) 대법원 판단 요지
대법원은 이번 사건에서 다음과 같이 판단했다.

• 집합투자업자는 주식발행법인의 형식상 주주는 아니지만, 신탁 구조를 통해 실질적으로 그 법인을 지배하고 이익을 향유하고 있다면 ‘실질적 주주’로 봐야 한다.
• 또한 신탁업자들이 유상증자에 참여하고 기존 주주가 유상감자를 통해 완전히 이탈하는 경우, 경제적 실질은 기존 주식이 새로운 주주에게 양도된 것과 동일하다.
• 따라서 유상증자와 감자를 별개의 행위로 보지 않고, 일련의 단일한 ‘주식 취득행위’로 보아 과점주주 간주취득세 과세대상으로 판단하였다.

이로써 대법원은 신탁 구조를 활용한 주식 취득이라 하더라도, 실질적으로 특정인이 법인의 지배권을 확보한 경우에는 과세대상에서 제외되지 않는다는 입장을 명확히 했다.

 

(4) 법리 분석 및 실질과세 원칙
과점주주 간주취득세는 “주식 취득을 통한 부동산의 간접 취득”을 전제한다. 지방세법 제7조 및 제7조의2에 따르면, 일정 비율(통상 50% 초과)의 지분을 보유한 주주는 그 법인의 부동산을 사실상 지배하는 것으로 보아 과세한다.
이 사건에서 핵심은 명의상 주주와 실질상 주주의 괴리를 어떻게 볼 것인가이다.

 

대법원은 ‘신탁업자가 단순한 명의자에 불과하고, 집합투자업자가 실질적으로 주식을 소유하고 법인의 경영에 관여할 수 있다면 그 실질을 보아야 한다’는 실질과세 원칙을 재확인하였다.
이는 조세회피 방지를 위한 최근의 입법 경향과도 맞닿아 있다. 실제로 2022년 지방세법 개정으로 “신탁된 재산은 위탁자의 재산으로 본다”는 명문 규정이 도입되면서, 신탁 구조를 이용한 세 부담 회피는 더 이상 유효한 절세수단이 아니게 되었다.

 

(5) 판례의 의의
이번 판결은 단순히 신탁업자의 명의상 주주 여부를 넘어, ‘경제적 실질’에 따라 납세의무자를 판단해야 한다는 기준을 명확히 제시했다는 점에서 의의가 크다.

 

또한 유상증자와 유상감자가 연속적으로 이루어지는 복합 거래를 ‘단일 행위’로 평가하여 과세한 최초의 판례 중 하나로, 향후 부동산투자회사나 펀드 구조 설계 시 세무 리스크 검토의 중요성을 일깨워주었다.

 

더 나아가 이번 사건은 신탁업자나 펀드운용사뿐 아니라 금융기관의 SPC(특수목적법인) 구조, 프로젝트파이낸싱(PF) 구조 등에서도 동일한 원리가 적용될 수 있다는 점을 시사한다. 즉, 자금의 실질적 제공자와 지배자가 누구인지가 세법상 판단의 기준이 되며, 형식적 명의만으로 세부담을 회피하려는 구조는 점점 설 자리를 잃게 되었다.

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3. 결론

(1) 실무상 유의사항
이번 판례는 집합투자업자뿐 아니라 부동산펀드, 리츠(REITs), 사모펀드 운용사 등 실질 지배구조를 갖춘 모든 투자기관에 적용될 수 있다.

 

즉, 법적 명의가 신탁업자나 특수목적법인(SPC)이라 하더라도, 투자자가 실질적으로 자금을 제공하고 지배력을 행사한다면 과점주주로 간주될 가능성이 높다.

이에 따라 향후 구조 설계 시 단순한 법적 명의 분산만으로는 취득세 과세를 회피하기 어렵다는 점을 명심해야 한다.

또한 이번 판결은 지방세뿐 아니라 소득세, 법인세 영역에서도 실질과세 원칙을 폭넓게 적용하는 근거로 작용할 가능성이 있다. 따라서 세무 담당자는 명의신탁, 위탁관리, SPC 지배구조 등에서 형식보다 실질이 우선되는 판단 기준을 항상 고려해야 한다.

 

(2) 세무전문가 및 기업 시사점
세무전문가 입장에서는 이번 판례가 제시한 실질과세 기준을 명확히 이해하고, 부동산투자회사나 집합투자기구의 주식 취득 구조를 설계할 때 과점주주 여부를 사전에 검토해야 한다.

 

특히 신탁업자를 통하여 분산 취득하는 구조라 하더라도, 동일 위탁자의 자금으로 운영되고 있다면 하나의 경제적 단위로 보아 과세될 수 있다.

 

기업의 입장에서도 과점주주 판단 시 ‘명의상 분산’보다는 ‘실질 지배력’을 기준으로 세무 리스크를 관리해야 한다.