[종부세] 토지거래허가구역 내 토지의 종합부동산세 합산배제 관련 ‘취득일’ 판단 기준

토지거래허가구역 내 토지의 종합부동산세 합산배제 관련 ‘취득일’ 판단 기준

(대법원 2025.7.16. 선고 2023두50516 판결 분석)

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1. 서론: 취득일 불명확성으로 인한 실무 혼란

주택건설사업자가 주택 건설을 목적으로 토지를 취득하는 경우, 「조세특례제한법」 제104조의19는 일정 요건을 충족하면 해당 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하는 특례를 규정하고 있다.
이 규정의 취지는 주택건설용 부지를 확보한 단계에서 아직 건축이 진행되지 않았더라도, 해당 토지가 실질적으로 주택건설사업을 위한 재고자산 성격을 가진다면 과세에서 제외하겠다는 것이다.

그러나 실무에서는 이 조항이 규정하지 않은 한 가지 문제 ― 바로 “취득일의 판단 기준” ― 때문에 혼란이 발생해왔다.
토지거래허가구역 내에서 매매계약이 체결된 경우, 허가 전까지 계약이 효력을 갖지 못하므로, 실제로 취득이 언제 이루어졌다고 볼 것인지가 명확하지 않았던 것이다.
즉, 잔금 지급일을 취득일로 볼 것인지, 아니면 토지거래허가일(또는 허가구역 해제일)을 취득일로 볼 것인지가 쟁점이었다.

이번 대법원 2025.7.16. 선고 2023두50516 판결은 이러한 불명확한 부분을 명쾌하게 정리했다.
대법원은 종합부동산세 과세특례 적용 및 추징 시 기산점이 되는 취득일을 ‘잔금 지급일’로 판단해야 한다고 판시함으로써, 세무 실무자와 주택건설사업자 모두가 참고해야 할 명확한 기준을 제시했다.

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2. 사건 개요 및 경위

사건의 원고(주택건설사업자)는 토지거래허가구역 내 토지를 매수하기 위해 매매계약을 체결하고, 계약에 따라 모든 매매대금을 잔금까지 지급하였다.
그러나 해당 토지는 여전히 토지거래허가구역에 속해 있었고, 허가 절차가 완료되지 않은 상태였다.
이후 일정 기간이 지나 허가구역 지정이 해제되자, 매매계약은 법적으로 완성되어 효력이 발생하였다.

문제는 이때였다.
원고는 종합부동산세 합산배제 특례(조특법 제104조의19)를 적용받기 위해 “토지 취득일로부터 5년 이내에 주택건설사업계획승인을 받아야 한다”는 요건을 충족했다고 주장하였다.
원고는 토지를 실질적으로 매수하여 잔금을 지급한 시점을 ‘취득일’로 보아 5년 계산을 했기 때문이다.
그러나 과세관청은 토지거래허가구역 내 계약은 허가 전까지 미완성 상태이므로, 허가구역 해제일을 취득일로 보아야 한다며, 해당 요건을 충족하지 않았다고 판단했다.

이로 인해 종합부동산세 비과세 특례를 인정받지 못한 원고는 불복을 제기했고, 결국 사건은 대법원까지 올라갔다.

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3. 판례 요약

대법원은 잔금 지급일을 토지의 실질적인 취득일로 봐야 한다고 판시했다.

그 근거는 다음과 같다.

1. 종합부동산세법 제12조 제1항은 납세의무자를 재산세 납세의무자로 규정하고 있다.
2. 지방세법 제107조 제1항은 재산세의 납세의무자를 ‘과세기준일 현재 토지를 사실상 소유한 자’로 정하고 있다.
3. ‘사실상 소유’란 등기 여부와 관계없이 실질적으로 소유권을 취득한 자를 의미한다(대법원 2012두9105, 2012두26852 참조).
4. 종부세나 재산세에는 취득시기에 관한 명문 규정이 없으므로, 취득세 규정을 유추 적용해야 한다.

이에 따라 대법원은 「지방세법」 제7조 제2항과 같은 법 시행령 제20조 제2항 제1호를 원용했다.
이 조항은 부동산을 등기하지 않아도 사실상 취득하면 취득으로 보며,
유상승계취득의 경우 잔금 지급일을 취득일로 본다고 명시하고 있다.

따라서 매매대금이 모두 지급된 이후 허가를 받거나 허가구역이 해제되면,
비록 계약의 법률상 효력이 소급되어 완성된다 하더라도,
실질적인 소유권 이전 시점은 이미 잔금 지급 시점에 발생하므로,
종합부동산세 과세특례의 기준이 되는 취득일은 잔금 지급일이라고 보아야 한다고 판단하였다.

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4. 대법원의 논리 구조 분석

이번 판결의 핵심은 “실질과세원칙의 일관된 적용”이다.
대법원은 종합부동산세·재산세·취득세 간의 체계적 연관성을 근거로,
납세의무 성립과 과세특례 적용을 구분하였다.

• 종부세 및 재산세는 실질적 소유자를 납세의무자로 본다.
• 취득세는 사실상 취득 시점, 즉 잔금 지급일을 기준으로 한다.
• 따라서 종부세의 취득일 역시 형식적 등기나 행정허가가 아닌 경제적 권리이전이 발생한 시점을 기준으로 판단해야 한다.

대법원은 이를 구체적으로 다음과 같이 정리했다.

“부동산 매매 등 유상승계취득의 경우, 재산세나 종합부동산세에서도 특별한 사정이 없는 한 잔금 지급일을 실질적인 소유권 취득 시기로 보아야 한다.”

또한 토지거래허가제도의 특수성을 고려해, 허가 전 계약은 법적으로 미완성이지만, 허가 이후에는 소급 유효가 되므로, 결과적으로 소유권 이전의 실질적 효과는 잔금 지급일에 이미 발생했다고 보았다.

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5. 유사판례 및 제도적 배경 비교

과거 행정해석과 심판례에서는 일관되지 않은 판단이 존재했다.

• 세정-5891(2006.11.27.): 허가일 또는 해제일을 취득일로 봄.
• 조심2009지1109(2010.11.10.): 잔금 지급일을 취득일로 판단.
• 대법원 2012두19229(2012.12.27.): 잔금 지급일을 취득시기로 명확히 함.
• 대법원 2012두16695(2012.11.29.): 취득세 신고납부기산은 허가일로 판단.

이처럼 과거에는 취득세와 종부세의 취득일 기준이 혼용되어 혼란이 있었다.
이번 2025년 판결은 이 문제를 종결지으며,
종부세의 취득일은 “잔금 지급일”, 취득세의 신고·납부기산은 “허가일 또는 해제일”이라는 이원구조를 확립했다.

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6. 실무적 의미 및 세무상 유의점

이번 판결은 실무에 여러 가지 중요한 시사점을 제공한다.

1️⃣ 과세특례 적용 기산점 명확화

• 종합부동산세 비과세 특례를 적용받으려면 취득일로부터 5년 이내에 주택법상 사업계획승인을 받아야 한다.
• 이때 ‘취득일’을 허가일로 잘못 인식할 경우, 승인시기가 지연되어 비과세 요건을 상실할 위험이 있다.
• 따라서 “잔금 지급일” 기준으로 5년을 계산해야 하며, 이를 증빙하기 위한 금융거래내역·계약서·영수증 관리가 필수다.

2️⃣ 취득세와 종부세의 ‘취득시기’ 구분 관리 필요

• 허가일 기준의 신고·납부(취득세)와 잔금 기준의 과세특례(종부세)는 구별된다.
• 특히 법인사업자의 회계처리상 취득시점 인식과 세무상 취득일 인식이 달라질 수 있으므로 내부 절차 명확화가 필요하다.

3️⃣ 토지거래허가구역 내 계약서 작성 시 문구 주의

• 허가 전이라도 잔금 지급에 따른 권리이전 위험이 발생할 수 있으므로, 계약서상 잔금지급조건 및 허가 불가시 환급조항을 명확히 해야 한다.
• 이는 향후 세무조사나 과세특례 적용 시 입증자료로 기능한다.

4️⃣ 과세당국의 실질과세 강화 경향 대응

• 최근 과세당국은 등기일이나 허가일보다 실질적 거래 시점을 중시하는 추세다.
• 따라서 잔금일 기준의 과세·면세 판정은 앞으로도 더 폭넓게 적용될 가능성이 크다.

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7. 결론

이번 대법원 판결(2023두50516)은 “토지거래허가구역 내 토지의 종부세 합산배제 관련 취득일”에 대한 해석상 불확실성을 해소한 결정적인 사건이다.
핵심은 실질취득시점 = 잔금 지급일이라는 명확한 원칙 확립이다.

이 판결을 통해 주택건설사업자는

• 잔금 지급일을 기준으로 종합부동산세 과세특례 적용기한(5년)을 계산해야 하고,
• 허가일이나 해제일을 기준으로 삼을 경우 비과세 요건 상실 위험이 있음을 인식해야 한다.

나아가, 이번 판결은 실질과세원칙의 재확인이라는 점에서도 의미가 깊다.
형식적 등기일보다 경제적 실질을 우선시함으로써, 세법 전반에서 동일한 논리가 유지되도록 하였다.
이는 종부세뿐 아니라 취득세, 양도세 등 자산과세 전반에서 일관된 판단기준을 제공한다는 점에서 그 파급효과가 크다.

결국 이번 판례는 “토지거래허가구역 내 토지는 잔금 지급일에 이미 실질적으로 취득된 것으로 본다”는 명확한 법리를 확립했다.
따라서 향후 실무에서는 취득세 신고는 허가일 기준, 종부세 특례는 잔금일 기준이라는 이중 구조를 반드시 인식해야 하며,
특히 대규모 개발사업을 수행하는 시행·건설 법인들은 내부 회계 및 세무 프로세스에서 이 원칙을 정확히 반영해야 할 것이다.