[기타] 국내 미등록 특허권으로 인한 기술이 국내에서의 제조·판매 등에 사용되었다면, 그 사용료 지급대가는 국내 원천징수 대상 과세소득임

국내 미등록 특허권 사용료, 국내 원천소득으로 과세 가능 — 대법원 판례로 본 기술 사용의 ‘실질 기준’ 전환

( 2021두59908 경정거부처분 취소. 2025. 9. 18.)

1. 사건 개요

이번 사건은 국내에 등록되지 않은 미국 특허권이 쟁점이 된 사례다.
국내 법인은 미국 법인이 보유한 특허기술을 제공받아 이를 바탕으로 한국에서 제품을 생산하고 판매했다. 이 기술은 제품의 핵심 공정과 품질관리 과정에 직접적으로 사용되었고, 그 대가로 로열티(사용료)를 미국 법인에 지급하였다. 과세당국은 이를 “국내에서 사용된 기술에 대한 대가”로 보아 국내 원천소득으로 과세하였다.

납세자는 “이 특허는 미국에서 등록된 권리이므로 국내 사용에 해당하지 않는다”고 주장하며 불복하였고, 법원은 기술의 실제 사용 장소가 원천소득 판단의 기준이 되는지가 쟁점이라고 보았다. 이 사건은 단순히 특허의 등록 여부가 아니라, 기술의 실질적 사용지를 기준으로 과세할 수 있는지를 다툰 중요한 사건이었다.

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2. 판례 요약

대법원(2021두59908, 2025.9.18.)은 명확히 판시하였다.

“국내 미등록 특허권의 기술이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었다면, 그 사용료는 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문 및 한미조세협약 제14조 제4항에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당한다.”

즉, 특허가 국내에 등록되었는지 여부는 본질적인 판단 기준이 아니며, 그 기술이 실제로 국내 사업활동에서 활용되었는지가 핵심이라는 것이다.
대법원은 원심이 “국내에 등록되지 않은 특허이므로 과세할 수 없다”고 본 판단을 파기하면서, 기존의 형식적 해석을 폐기하고 실질 중심의 판단기준을 확립하였다.

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3. 법리 해석 및 판례 해설

(1) 종전 입장 — ‘속지주의’ 원칙에 근거한 제한적 해석

기존 판례는 “특허의 사용”을 ‘특허권이 등록된 국가 내에서의 사용’으로 해석하였다(대법원 91누6887, 1992.5.12.).
따라서 국내에 등록되지 않은 특허의 사용료는 한미조세협약상 국내 사용으로 볼 수 없었고, 그 대가는 국내원천소득에 해당하지 않았다.
이는 특허가 국가별 등록을 전제로 효력이 발생한다는 속지주의 원칙에 충실한 해석이었으며, 세법상 형식적 요건을 엄격히 해석한 결과였다.

하지만 이러한 입장은 현실과 괴리가 컸다. 글로벌 기업 간 기술이전이나 라이선스 계약의 대부분은 복수국가에서 동시 사용되는 구조를 가지며, 기술의 실제 사용지는 반드시 특허 등록국과 일치하지 않는다. 그럼에도 종전 해석은 단순히 “등록된 국가”를 기준으로 과세 여부를 결정함으로써, 경제적 실질을 반영하지 못한다는 한계가 있었다.

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(2) 법인세법과 조세조약의 구조

구 법인세법(2015.12.15. 개정 전) 제93조 제8호 단서 후문은 다음과 같이 규정하였다.

“국외에 등록된 특허권 등이라 하더라도 국내에서 제조나 판매 등에 사용된 경우에는 국내에서 사용된 것으로 본다.”

즉, 특허권의 등록지는 국외라도 기술이 국내 산업활동에서 사용되었다면 그 대가를 국내 원천으로 간주한다는 것이다.
다만, 이중과세방지협약이 사용지를 기준으로 원천소득을 규정하는 경우에는 국외 사용에 대한 대가는 국내원천소득으로 보지 않는다는 예외를 두었다.

한미조세협약은 바로 이 “사용지 기준” 방식을 채택하고 있다. 따라서 쟁점은 “협약상 사용지의 의미를 어디까지 인정할 것인가”였다.

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(3) 이번 판결 — ‘형식보다 실질’의 원천소득 판단

대법원은 이번에 한미조세협약 제2조 제2항을 근거로, 협약에서 정의되지 않은 용어는 국내법 규정에 따라 해석해야 한다고 보았다.
이에 따라 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문을 원용해, “특허의 사용”을 단순히 권리의 법적 사용이 아니라 ‘특허기술을 제조·판매 등에 사실상 사용하는 행위’로 해석하였다.

즉, 국내에 등록되지 않은 특허라도 그 기술이 국내 공장이나 생산라인, 품질관리 시스템 등에 적용되어 사용되었다면, 이는 국내 사용에 해당한다고 본 것이다.
결국 대법원은 형식적 권리등록지보다 경제적 실질을 중시하며, 기존 판례를 전원합의체에서 변경하였다.

이 판단은 세법의 기본원칙인 “실질과세의 원칙”을 국제조세 영역에까지 확장한 것으로, 형식적 등록 여부를 기준으로 한 종전 해석을 완전히 뒤집는 결과를 낳았다.

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4. 실무상 유의사항

(1) 기술 사용지 입증의 중요성

이번 판례 이후 기업이 외국 특허권자에게 지급하는 로열티의 원천징수 여부는 기술의 실제 사용 장소에 따라 결정된다.
따라서 납세자는 해당 기술이 국내에서 사용되지 않았음을 구체적으로 입증할 자료를 갖추어야 한다.
예컨대, 기술이 해외 공정이나 해외 연구개발센터에서만 사용되었음을 보여주는 계약서, 기술사용 일지, 생산설비 도면 등이 필요하다.
이러한 증빙이 없을 경우, 단순히 “국외 등록 특허”라는 사유만으로 비과세를 주장하기는 어려워질 것이다.

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(2) 로열티 지급기업의 원천징수 리스크 확대

이번 판례는 국내 제조활동에 외국 기술을 사용하는 기업들에게 큰 영향을 미친다.
그동안 많은 기업들이 “국내 미등록 특허이므로 원천징수 대상이 아니다”라는 논리로 과세를 회피해 왔으나, 이제는 국내 사용사실이 입증되면 과세 대상이 된다.

예를 들어, 미국 본사의 특허기술을 적용하여 한국 공장에서 제품을 생산하고, 그 대가로 로열티를 지급한 경우 해당 사용료는 국내 원천소득으로서 15% 원천징수세율이 적용될 수 있다.
세무조사 시 과세관청은 단순히 로열티 회계처리 내역만 보는 것이 아니라, 실제 기술 활용 과정과 사용 장소를 함께 검토할 가능성이 높다.

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(3) 복합 사용계약의 과세 분리 문제

최근 다국적 기업 간의 라이선스 계약은 특허권 외에도 노하우, 상표권, 디자인권 등이 함께 포함된 복합계약 형태가 많다.
이 경우 국내에서 기술이 사용된 비율을 명확히 구분하지 않으면, 전체 지급액이 국내 사용료로 간주될 위험이 있다.
따라서 기업은 계약 체결 단계에서부터 각 권리별 대가 비율을 구체적으로 명시하고, 기술사용지별 배분기준을 세부적으로 관리해야 한다.

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(4) 향후 세무조사 및 과세관행 변화 전망

이번 판례는 단순히 특정 사건에 대한 판단을 넘어, 과세당국의 해석기준 전환을 의미한다.
국세청은 앞으로 국내 제조·판매 활동에 외국 기술이 사용된 사례를 폭넓게 조사할 가능성이 높고, 특히 해외 모회사로 로열티를 지급하는 국내 자회사들이 주요 점검 대상이 될 것이다.
또한 조세조약상 “사용지 판단”이 쟁점인 다른 국가와의 거래에도 이번 판례가 유사하게 적용될 여지가 크다.

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5. 결론

이번 대법원 판결(대법원 2025.9.18., 2021두59908)은
“국내에 등록되지 않은 특허라도 기술이 국내에서 사용되었다면, 그 대가는 국내원천소득으로 과세할 수 있다”는 원칙을 확립하였다.
이는 30여 년간 유지되어 온 속지주의 해석을 뒤집고, 실질과세 중심의 국제조세 해석으로 나아간 전환점이다.

기업은 다음과 같은 점을 유의해야 한다.

• 로열티 지급 시 기술의 실제 사용지를 명확히 확인하고 내부 기록을 남길 것
• 계약서에는 특허권 등록국뿐 아니라 사용 장소 및 배분 기준을 명시할 것
• 세무조사 대응을 위해 기술적·법적 근거자료를 사전에 정비할 것

이번 판례는 단순한 원천징수 문제를 넘어, 국제기술거래의 과세원칙을 새롭게 정립했다.
앞으로 세무 실무에서는 “권리의 소재지”보다 “경제적 실질이 존재하는 장소”를 기준으로 판단하는 흐름이 더욱 강화될 것이다.
이 변화는 국내외 기업 모두에게 새로운 세무전략의 수립을 요구하고 있다.