[조특법] 중소기업 유예기간, 언제 다시 적용될 수 있는가? - 독립성 기준 해소 후 재차 비중소기업이 된 경우의 판단 기준(2)

0. 독립성 기준 해소 후 다시 비중소기업이 된 경우, 유예기간은 적용될까?

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1. 서론

기업이 성장하는 과정에서 관계기업 편입·분리, 매출 증가, 신규 투자 등으로 중소기업 요건이 변동되는 것은 흔한 일이다. 문제는 이러한 변동 속에서 중소기업 유예기간을 몇 번까지 적용할 수 있는가다.

최근 조세심판원은 “유예기간이 단 1회만 적용되는지”와 “그 최초 시점이 언제인지”를 명확히 판단하는 결정을 내렸다.

본 글은 이를 실제 사건의 흐름에 따라 정리한다.

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2. 사건의 흐름

1) 2010년 — 최초로 중소기업 기준을 초과

청구법인은 매출 증가로 중소기업 기준을 초과했지만
같은 해 A회사 지분 인수로 상호출자제한기업집단 소속이 되었다.
→ 유예 적용 불가 상태

2) 2013년 — 관계기업 편입 해소

A 지분 전부 매각 → 독립성 회복
→ 중소기업 재편입

3) 2021년 — 다시 매출액 기준 초과

이번에는 독립성 기준 충족 상태에서 규모 기준만 초과
→ 유예기간 적용 가능성 존재

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3. 쟁점: 유예기간은 적용되는가?

1) 처분청 주장

• “최초 사유 = 2010년”
• 이미 최초 비중소기업이 된 시점을 지나 유예기간은 만료
• 2021년에는 유예기간 적용 불가

2) 청구법인 주장

• 2010년에는 애초에 유예 적용이 불가능
• 실제로 유예 적용 가능해진 최초 시점은 2021년
  → 유예기간 적용 가능

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4. 조세심판원의 판단(조심2025부0057)

출처 - 문서보기 설립 후 중소기업 유예기간을 적용받지 않은 청구법인이 독립성 기준이 해소된 이후 중소기업에 해당하였다가 2021사업연도에 다시 매출액 규모기준을 초과하여 비중소기업이 된 경우도 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

문서보기 설립 후 중소기업 유예기간을 적용받지 않은 청구법인이 독립성 기준이 해소된 이후

 

조세심판원은 다음과 같이 결론 내렸다.

✔ “유예기간은 법인 설립 후 1회만 부여되는 제도”

입법취지상 유예기간이 반복 적용되는 것을 방지하려는 취지이므로
과거에 유예기간을 받은 사실이 없다면
2021년 발생한 사유가 ‘최초’가 된다.

✔ 2010년은 독립성 요건 미충족 → 유예 대상 아님

따라서 2010년을 최초 사유로 볼 수 없음.

✔ 결론: 2021년 사유에 대해 유예기간 적용 가능

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5. 기재부 해석과의 차이

기획재정부는 최근
“중소기업→독립성 미충족→중소기업→비중소기업” 순으로 변동된 경우
유예기간 적용 불가라고 해석(2024.05.03.)하였다.

그러나 조세심판원은
“유예기간 적용 가능 여부가 핵심”이라고 보며 반대 결정을 내렸다.

→ 향후

• 유권해석 변경 가능성
• 유사 심판례 축적 여부
  를 주시할 필요가 있다.

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6. 실무상 시사점

✔ 유예기간 적용여부는 “독립성 충족 여부”가 출발점

규모 기준 초과보다 독립성 기준이 더 우선적으로 판단되어야 한다.

✔ 유예기간 1회 원칙을 명확히 이해해야 함

과거 유예를 받은 적이 없다면, 이후에도 유예기간 적용 가능성이 열려 있다.

✔ 관계기업 편입·분리 이력 있는 기업은 특히 주의

기업 구조가 자주 변하는 경우 “유예 적용 가능성”을 매년 재검토해야 한다.

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7. 결론

이 사건은

• 유예기간은 단 1회 적용되지만,
• 이 “1회”는 실제로 적용 가능한 최초 시점을 의미한다는 점을 밝힌 중요한 결정이다.

따라서 과거에 독립성 기준 미충족 등으로 유예가 적용될 수 없었던 기업이라면,
향후 다시 규모 기준을 초과하더라도 유예기간 적용을 검토해볼 여지가 있다.