[조특법] 특수관계 벤처기업 출자도 과세특례가 적용될까? – 2025년 유권해석으로 본 판단 기준

서론

조세특례제한법 제14조는 벤처기업에 대한 직접 출자 또는 개인투자조합을 통한 출자에 대해 주식 양도차익 비과세라는 강력한 조세혜택을 제공한다.
벤처기업에 대한 자금 공급을 활성화하고 창업 생태계를 강화하기 위한 대표적인 조세특례 제도다.

 

하지만 이 규정은 한 가지 중요한 제한을 두고 있다.
바로 “출자자가 해당 벤처기업과 특수관계가 없어야 한다”는 요건이다.

문제는, 실무에서 특수관계 여부 판단이 매우 어렵다는 점이다.
창업자·가족·초기 발기인·임직원 등 다양한 관계 속에서
‘이 출자가 과연 특수관계 출자인지’ 판단하는 데 실수가 빈번하다.

 

최근 기획재정부는 서면-2025-자본거래-0496(2025.05.19.)을 통해
특수관계 여부와 과세특례 적용 가능성을 명확히 판단한 유권해석을 제시했다.
이번 글은 그 내용을 정리하고, 실무상 반드시 주의해야 할 핵심 포인트를 전문가 관점에서 분석한다.

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본론

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1. 조특법 제14조의 취지와 특수관계 요건의 의미

조특법 제14조는 창업기업·벤처기업 투자 활성화를 목적으로 다음을 규정한다.

• 적격 벤처기업에 직접 출자하여 취득한 주식
• 개인투자조합을 통해 간접 취득한 주식

위 주식을 양도할 경우 소득세법 제94조(주식 양도소득)를 적용하지 않음,
즉 양도차익 비과세 혜택을 준다.

그러나 시행령 제13조 제1항 제2호는 명확하게 다음을 요구한다.

출자자가 벤처기업과 특수관계가 아닌 것

 

특수관계는 국세기본법 시행령 제1조의 2와 소득세법 시행령 제98조에서 정하는
혈족·인척·배우자·임원지배관계·지분 30% 이상 보유 등 경제적 연관관계를 모두 포함한다.

이 요건은 벤처기업 창업자나 경영자 등 내부인이 과세특례를 악용하는 것을 막기 위한 장치이다.
따라서 특수관계로 판단되면 양도차익 비과세는 적용될 수 없다.

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2. 최근 유권해석(서면-2025-자본거래-0496)의 사실관계

해당 유권해석에서 문제된 사실관계는 다음과 같다.

• A사는 2000.3.3. 벤처기업 확인을 받은 법인
• 신청인은 2000.10.8. A사 주식 1,300주(6,500만 원)를 출자 취득
• A사의 대표이자 최대주주인 ‘갑’과 신청인은 ‘동서 관계(3촌 이내 인척)’
• 신청인은 현재 상장(2023.2.14.)된 A사 지분 0.83%를 양도하려고 함

질문:
이렇게 특수관계가 있는 벤처기업 출자에도 조특법 제14조 과세특례를 적용할 수 있는가?

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3. 유권해석 결론 – 특수관계 벤처기업 출자는 특례 대상이 아니다

기획재정부의 답변은 명확하다.

특수관계가 있는 벤처기업에 대한 출자는 조특법 제14조의 과세특례 대상이 아니다.

 

즉, 벤처기업에 대한 출자라 하더라도

• 대표자·창업자와 특수관계,
• 임직원,
• 대주주 친족,
• 발기인 지위에서의 출자

등은 모두 특수관계 출자로 보아 조세특례를 적용하지 않는다.

▷ 이번 사례에서 신청인은 왜 특수관계자일까?

• 신청인 ↔ 남편 = 0촌
• 남편 ↔ 남편의 동생 = 2촌
• 남편의 동생 ↔ 동서(형제의 배우자) = 0촌

결과적으로 신청인 ↔ 동서 = 2촌 인척
→ 국세기본법 시행령상 특수관계로 분류된다.

따라서 A사는 신청인과 특수관계인 벤처기업이며,
출자 주식의 양도차익 비과세는 허용되지 않는다.

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4. 특수관계 판단 시점과 중요한 판례

특수관계 존재 여부는 출자 당시를 기준으로 판단한다.

이 기준은 다음과 같은 이유에서 중요하다.

• 설립 초기에는 대부분 가족·친족이 발기인
• 이 시점의 출자는 대부분 특수관계 출자 → 특례 적용 불가
• 이후 유상증자 참여 역시 임직원·친족이면 계속 특수관계 출자

대법원도 2011두22358 판결에서
“특수관계 개념은 이미 설립된 법인과의 관계에서 의미가 있다”라고 보았으나,
조특법 제14조의 적용에서는 출자 당시 특수관계 여부가 핵심 기준이다.

또한 조심2020중1578, 기재부 2010.10.21. 해석 등에서도 일관되게 다음을 유지한다.

특수관계 벤처기업 출자는 과세특례를 부여하지 않는다.

 

이는 조특법 제14조의 입법취지—
“외부 독립 투자자에게 조세혜택을 부여하여 초기 자금조달을 지원”—를 그대로 반영한 것이다.

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5. 실무적 시사점 – 특수관계 여부 판단이 가장 중요하다

① 출자 전, ‘특수관계 여부’ 체크는 필수

가족·친족·발기인·임직원 등 지배 기반에 있는 사람의 출자는
특례 적용 가능성이 매우 낮다.

② 개인투자조합(PIF) 통한 간접 출자도 동일

간접출자인 경우에도 조합원과 벤처기업 간 특수관계가 있으면 특례 불가이다.

③ 벤처기업 확인 시점과 출자 시점 관계 검토

벤처기업 확인 이전의 출자는 특례 대상 아님
(사전-2016-법령해석재산-0410 등)

④ 상속·증여로 취득한 벤처주식도 특례 불가

상속인은 직접 출자자가 아니므로 특례 적용 불가
(재산세제과-1001, 2009)

⑤ 상장 후 지분 1% 미만이라도 과세 가능

상장 벤처주식도 대주주 또는 특수관계인 범위에 포함되면
양도소득세 과세가 가능하다.

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결론

조세특례제한법 제14조는 벤처기업에 대한 독립적·외부 투자를 장려하기 위한 제도다.
따라서 벤처기업과 출자자 사이에 특수관계가 존재하는 경우,
그 출자에 대해서는 주식 양도차익 비과세 혜택이 인정되지 않는다.

 

2025년 유권해석(서면-2025-자본거래-0496)은
특수관계 여부 판단 기준을 다시 한번 명확히 하며,
출자 전 단계에서의 세무 검토의 중요성을 강조한다.

 

벤처기업 초기 출자 또는 지분 정리를 계획한다면,
특수관계 판단·출자 시기·벤처확인 유무 등
모든 조건을 사전에 점검해야 예상치 못한 세금 부담을 피할 수 있다.