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중소기업 판단 시, 지배기업과 종속기업의 결산일이 다른 경우 관계기업 합산 매출액 산정 기준
– 서면-2024-법인-2297 [법인세과-605], 2025.04.17.
1. 사건 개요
조세특례제한법은 다양한 세제 혜택을 중소기업에 부여하고 있다.
특히 조세특례제한법 제6조 및 조세특례제한법 시행령 제2조에서는 “중소기업의 범위”를 규정하고 있는데, 이는 단일 기업만이 아니라 관계기업(지배·종속 관계에 있는 기업의 집단)을 포함하여 판단하도록 하고 있다.
문제는 지배기업과 종속기업의 결산일이 서로 다른 경우, 어느 기준으로 매출액을 합산해야 하는지에 관한 것이다.
즉, 관계기업 합산 매출액을 판단할 때 각 기업의 사업연도 기준으로 볼 것인지, 혹은 결산일을 맞추어 환산한 금액으로 조정할 것인지가 쟁점이 되었다.
이번 예규 "서면-2024-법인-2297 (2025.04.17.)"은 이러한 상황에서 지배기업의 과세연도 종료일 현재,
각각의 사업연도 손익계산서상 매출액을 그대로 합산하는 것이 원칙임을 명확히 밝힌 사례다.
2. 판례(예규) 요약
국세청은 다음과 같이 회신했다.
「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업 해당 여부를 판단함에 있어,
지배기업이 「중소기업기본법 시행령」 제2조 제3호에 따른 관계기업에 해당하는 경우,
해당 지배기업의 매출액은 「중소기업기본법 시행령」 별표 2에 따라
종속기업의 매출액과 합산하여 산정한 금액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호의 중소기업기준에 부합하는지 판단한다.이때 지배기업과 종속기업의 결산일이 다른 경우에는,
지배기업의 과세연도 종료일 현재 각각의 사업연도에 따라 산정한 매출액을 합산하는 것이다.(서면-2024-법인-2297, 2025.04.17.)
즉, 결산월이 서로 다르더라도 인위적인 환산이나 기간 조정 없이
각 법인의 해당 사업연도 손익계산서상 매출액 그대로 합산해야 한다는 입장이다.
3. 법리 해석 및 판례 해설
조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항과 제8항에서는 각각 다음과 같이 규정한다.
- 제4항: 중소기업 규모 판단 시 매출액은 과세연도 종료일 현재 손익계산서상의 매출액으로 한다.
- 제8항: 관계기업 여부 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.
즉, 조세특례제한법 체계에서는 매출액, 자산총액, 관계기업 여부 모두를 해당 사업연도 기준으로 보도록 하고 있다.
이는 중소기업기본법이 “평균매출액 등”을 3개년 평균으로 판단하는 것과 달리,
조세특례제한법 은 과세연도 단위의 판단을 중시한다는 점에서 차이가 있다.
이번 예규에서 국세청은 “지배기업과 종속기업의 결산일이 다르더라도,
각자의 사업연도 손익계산서상 매출액을 합산한다”고 명시했다.
이는 관계기업 간 회계기간이 다르더라도 매출액 환산을 별도로 수행하지 않으며,
과세연도 종료일 기준의 ‘실제 결산 매출액’ 합산을 원칙으로 한다는 의미다.
이 같은 해석의 배경에는 다음 두 가지 이유가 있다.
- 조세특례제한법 상 과세연도 단위 일관성 유지
중소기업 여부 판정은 세제 혜택 적용의 기준이 되므로, 과세연도별 실적을 기준으로 판단해야 한다.
결산월을 조정하여 인위적으로 매출액을 변형하거나 환산할 경우, 과세표준 및 세액 산출의 일관성이 깨질 수 있다. - 관계기업 단위의 실질적 통제 관계 반영
중소기업기본법에서는 관계기업 간 지배·종속 관계를 평균매출액 기준으로 본다.
그러나 조세특례제한법 상 세제 적용은 특정 과세연도에 대한 과세대상 행위를 기준으로 하기 때문에,
그 시점의 지배기업 과세연도 종료일 현재 관계기업 구조를 기준으로 판단해야 합리적이다.
따라서 지배기업이 12월 결산, 종속기업이 2월 결산이라면,
지배기업의 2023.12.31. 기준 중소기업 여부 판단 시에는
다음과 같이 매출액을 합산한다.
- 지배기업: 2023.1.1. ~ 2023.12.31. 매출액
- 종속기업: 2022.3.1. ~ 2023.2.28. 매출액
이는 단순 환산(예: 월평균 × 12개월)을 허용하지 않으며,
각 회사의 회계결산 기준으로 계산된 손익계산서상의 매출액 그대로를 사용한다.
4. 실무상 유의사항
이번 예규는 중소기업 여부 판단 시 실무적으로 자주 발생하는 “결산월 불일치 문제”에 대해 명확한 기준을 제시했다.
실무상 다음 사항에 유의해야 한다.
- 결산월이 다른 관계기업의 매출액 합산 시, 기간 환산을 하지 않는다.
각 기업의 회계연도 기준 매출액을 그대로 더해야 한다.
따라서 매출 변동이 큰 업종일수록 결산월 차이에 따라 합산금액의 연도별 변동 폭이 클 수 있다. - 관계기업 여부는 ‘지배기업의 과세연도 종료일 현재’로 판단한다.
결산일 기준으로 기업 간 관계가 변동된 경우(예: 출자 비율 변경, 신규 편입 등)는
해당 과세연도 말일 기준 관계만을 반영한다. - 세무조정 시 연결재무제표 기준이 아니라 개별 손익계산서를 사용해야 한다.
이는 과거 심사사례(심사-법인2015-0041, 2015.11.23) 및
“알기 쉽게 풀어쓴 중소기업 범위해설”(중소벤처기업부 발간)과도 일관된 해석이다. - 세무신고 검토 시점에서 ‘합산 매출액 기준 초과 여부’를 반드시 점검할 것
조세특례제한법 상 중소기업에서 제외될 경우, 각종 세액감면(창업중소기업 감면, 연구인력개발비 세액공제 등)이 배제될 수 있다.
관계기업의 결산월 불일치를 이유로 중소기업으로 오인하는 사례를 방지해야 한다.
5. 결론
이번 예규(서면-2024-법인-2297)는 지배기업과 종속기업의 결산일이 다르더라도 각 사업연도 매출액을 그대로 합산해야 한다는 점을 명확히 하였다.
이는 중소기업 여부 판정의 통일성과 조세특례 적용의 일관성을 확보하기 위한 것으로,
관계기업 간 결산월 차이를 이유로 매출액을 임의 환산하거나 기간 조정하는 것은 허용되지 않는다.
실무적으로는 관계기업 전체의 결산일, 매출 규모, 출자 구조를 체계적으로 관리하는 것이 중요하다.
특히 중소기업 세제 혜택을 지속적으로 적용받기 위해서는
관계기업의 매출액을 조특법 시행령과 시행규칙 기준에 따라
“과세연도 종료일 기준 손익계산서 매출액 합산” 원칙으로 점검해야 할 것이다.
나아가 결산월 불일치가 빈번한 제조·유통·IT 업종의 경우,
회계결산 주기를 통일하거나 별도의 내부관리지침을 두는 것이 추후 세무 리스크를 최소화하는 방안이 될 수 있다.
이 예규는 향후 중소기업 판단 실무에 있어 결산월 차이로 인한 혼선을 줄이는 명확한 기준점으로 기능할 전망이다.
