[조특법] 중소기업 유예기간, 언제 다시 적용될 수 있는가? - 독립성 기준 해소 후 재차 비중소기업이 된 경우의 판단 기준(1)

0. 중소기업 유예기간의 개념과 "최초 사유" 해석 기준

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1. 서론

 

중소기업 유예기간은 조세특례제한법에서 매우 중요한 제도이다. 사업 규모가 일시적으로 확대되어 중소기업 기준을 충족하지 못하더라도, 일정 기간 동안 중소기업과 동일하게 보아 세제 혜택을 유지해 주는 제도이기 때문이다.

 

하지만 이 유예기간이 언제부터 시작되는지, 즉 규정에서 말하는 “최초로 그 사유가 발생한 날”의 의미가 무엇인지 해석에 따라 결과가 크게 달라진다.

 

최근 조세심판원은 이 문구를 둘러싼 해석 충돌을 정리하는 의미 있는 판단을 내렸다. 본 글은 유예기간 제도의 구조와 “최초 사유”의 해석 기준을 중심으로 정리한다.

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2. 중소기업 유예기간 제도의 구조

1) 유예기간의 목적

• 중소기업의 일시적 규모 확대로 인한 불이익 방지
• 성장을 장려하되, 급격한 세부담 증가를 피함
• 유예기간 동안 중소기업과 동일하게 세제 혜택 적용

2) 기본 규정(조특령 §2②)

• 중소기업이 규모 확대 등으로 기준을 초과하는 경우
  → 최초 사유 발생 연도 + 5개 과세연도 = 총 6년간 중소기업으로 봄

3) 유예 제외 사유

• 실질적 독립성 기준 미충족
• 상호출자제한기업집단 포함 등
  → 이 경우 유예기간 적용 불가

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3. “최초로 그 사유가 발생한 날”의 해석 쟁점

1) 처분청 해석

“최초로 중소기업에서 제외된 날”

• 즉, 매출액 기준 초과로 처음 비중소기업이 된 시점
• 예: 2010년에 처음 기준을 초과했다면 “최초 사유 = 2010년”

2) 청구법인 해석

“최초로 유예기간을 실제 적용할 수 있는 사유”

• 즉, 유예기간 적용이 가능한 조건이 충족된 최초 시점
• 예: 2021년에 비로소 유예기간 적용 가능했다면 “최초 사유 = 2021년”

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4. 조세심판원의 해석 기준

조세심판원은 다음을 근거로 청구법인의 손을 들어주었다.

✔ 입법취지 핵심 = “유예기간은 법인 설립 후 1회만 적용”

• 2000년 개정 → 반복적 유예 제한
• 2010년 개정 → 잔존 유예기간 보장
• 2015년 개정 → 관계기업 합산요건 완화

✔ “최초 사유”는 유예적용이 가능한 최초 시점

유예기간을 적용할 수 없었던 시점(예: 독립성 미충족)은
‘최초 사유’로 볼 수 없음.

→ 따라서 과거 유예기간을 적용받지 않은 법인은
유예기간을 처음 적용할 수 있게 된 시점(2021년)을 ‘최초’로 본다.

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Ⅴ. 결론

중소기업 유예기간의 “최초 사유”는 단순히 중소기업에서 제외된 시점이 아니라,
실제로 유예기간 적용이 가능한 최초 시점으로 해석해야 한다.

 

이는 중소기업 정책의 취지인 성장 지원과 유예기간 1회 원칙을 동시에 충족하는 기준이다.