[세무조사] 부과제척기간이 3개월 이하 남았을 때 통지한 과세예고

부과제척기간이 3개월 이하 남았을 때 통지한 과세예고는 위법할까? – 대법원 2025두33014 판결 분석

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서론

세무조사와 이어지는 과세처분 과정에서 절차적 적법성을 얼마나 충족했는지는 최근 조세소송에서 핵심 쟁점으로 부상하고 있다.
헌법 제12조 제1항의 적법절차 원칙이 형사절차뿐 아니라 모든 국가작용에 적용된다는 대법원 판례에 근거해, 법원은 최근 세무공무원이 과세권을 행사하는 과정에서 납세자의 절차적 권리를 침해하지 않았는지를 매우 엄격하게 심사하고 있다.

특히 납세자가 사전 단계에서 과세관청의 판단을 다툴 수 있도록 마련된 절차인 과세전적부심사는 그 중요성이 지속적으로 강조되고 있다.

 

이러한 가운데 대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결은 국세의 부과제척기간이 3개월도 남지 않은 시점에 이루어진 과세예고통지가 적법한지 여부를 다루며, 과세전적부심사 기회 박탈이 과세처분을 위법하게 만드는지에 관한 판단기준을 명확히 제시했다.

이번 글에서는 해당 판결의 사실관계, 쟁점, 대법원 판단과 그 의미를 전문가 관점에서 분석한다.

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본론

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1. 부과제척기간과 과세예고통지의 법적 성격

부과제척기간은 과세권 행사에 대한 시간적 한계를 의미하며,
과세관청은 기간 내에 적법한 절차를 거쳐 과세처분을 해야 한다.

 

그 과정에서 과세예고통지 → 과세전적부심사 → 과세처분이라는 절차는 납세자에게 과세 전 단계에서 의견을 진술하고 오류를 바로잡을 수 있는 기회를 제공하는 중요한 장치다.

과세전적부심사는 다음과 같은 기능을 가진다.

• 효율적 사전 구제제도
• 단순 위법뿐 아니라 부당한 처분까지 심사 가능
• 행정심판·소송에 비해 시간·비용 부담이 적어 실효적 권리구제 가능

이러한 구조를 고려할 때, 과세관청의 고의 또는 과실로 인해 납세자가 과세전적부심사를 신청할 기회를 상실한다면 절차적 적법성은 중대하게 침해된다.

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2. 사건의 사실관계 – 과세예고통지 시점은 언제였나

대법원이 판단한 사건의 주요 타임라인은 다음과 같다.

• 양도일: 2016.12.16.
• 부과제척기간 만료일: 2022.5.31.
• 과세예고통지일: 2022.5.2.
• 과세처분일: 2022.5.9.

즉, 부과제척기간이 1개월도 남지 않은 시점에 과세예고가 이루어졌고,
과세전적부심사를 신청할 수 있는 30일의 기간을 전혀 보장받지 못한 상태에서
곧바로 과세처분이 이루어진 것이다.

 

과세관청은 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호
“과세예고통지일 기준 부과제척기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전적부심사 생략 가능”
을 근거로 자신들의 조치가 정당하다고 주장했다.

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3. 법원이 본 핵심 쟁점 – ‘정당한 사유’가 있었는가

대법원이 판단한 핵심은 다음 두 가지다.

① 과세예고통지를 늦게 할 수밖에 없었던 ‘정당한 사유’가 있었는가?

관건은 과세관청이 스스로 행정을 지연시킨 것이 아니라,
객관적으로 부득이한 사유가 존재했는지 여부이다.

판결문에 따르면,

• 과세자료는 2021.8.3. 이미 이관됨
• 그 이후 과세관청이 별다른 조사나 검토를 한 정황이 없음
• 추가 조사가 필요한 상황도 아니었음
• 과세예고통지가 늦어진 이유에 대한 자료·증거를 제시하지 못함

즉, 과세관청은 스스로 과세행정을 장기간 지연시켰고,
그 결과 부과제척기간이 임박한 상태가 형성된 것으로 보았다.

② ‘3개월 이하 규정’을 과세관청이 임의로 활용할 수 있는가?

대법원은 명확히 다음과 같이 본다.

• 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호는 정당한 사유 없이 적용될 수 없다.
• 단순히 “3개월 이하”라는 시간적 요건만으로 무조건 과세전적부심사를 생략할 수는 없다.
• 만약 그것이 허용된다면 과세관청이 임의로 통지 시점을 조절하여
  과세전적부심사 제도를 무력화할 위험이 있다.

따라서 과세전적부심사를 배제하기 위해서는
“과세관청의 귀책 없이, 부득이하게 부과제척기간이 임박하게 된 사정”이
추가로 증명되어야 한다.

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4. 대법원 판단 – 절차적 하자로 과세처분은 위법

대법원은 다음과 같은 결론을 내렸다.

정당한 사유 없이 부과제척기간 만료 직전에 과세예고통지를 한 경우,
과세전적부심사 기회를 박탈한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재한다.

 

따라서 해당 과세처분은 위법하며 취소되어야 한다고 보았다.

이 판결은

• 과세전적부심사 생략의 요건
• 정당한 사유에 대한 입증책임이 누구에게 있는지
  를 처음으로 명확하게 제시한 판결이라는 점에서 의미가 매우 크다.

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5. 실무상 시사점 – 납세자와 세무대리인은 어떻게 대응해야 하나

이번 판결은 세무조사→과세절차 과정에서 납세자의 권리를 강하게 보호하는 흐름을 강화했다.
실무적으로 다음과 같은 시사점이 있다.

① 과세예고통지 시점을 반드시 체크해야 한다

부과제척기간이 임박해 통지가 이루어진 경우,
과세관청이 “정당한 사유”를 갖추지 못했다면 과세처분은 취소 가능하다.

② 과세전적부심사 생략 사유는 과세관청이 입증해야 한다

이제 납세자가 입증할 필요가 없다.
과세관청은 부득이한 사정이 있었음을 객관적으로 증명해야 한다.

③ 세무조사 대응에서 지속적인 증빙 확보 필요

조사 및 자료통보 일정, 담당자 교체, 조사 지연 사유 등을 문서화하면
과세전적부심사 박탈 주장에 유리하게 작용할 수 있다.

④ 절차적 하자가 곧 처분 취소 사유로 이어지는 판례 흐름 강화

대법원은 절차적 적법성을 과세의 본질적 요소로 보고 있으며,
향후에도 관련 판례는 지속적으로 강화될 가능성이 높다.

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결론

대법원 2025두33014 판결은
“부과제척기간이 3개월 이하 남았다는 이유만으로 과세전적부심사를 생략할 수 없다”
는 점을 명확히 선언했다.

 

납세자에게 과세전적부심사의 기회를 제공하는 것은
단순한 형식적 절차가 아니라 헌법상 적법절차 원칙에 기초한 필수적 단계이며,
과세관청이 이를 임의로 회피하는 것은 허용되지 않는다.

 

이번 판결은 향후 세무조사, 과세예고, 과세처분 등
모든 단계에서 절차적 통제의 중요성을 재확인한 의미 있는 판례로 자리 잡을 것이다.