[부가세] 법인의 사옥 양도, 과연 포괄사업양도인가?

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1. 사건 개요

본 사건은 비철금속 도매업을 영위하는 청구법인이 신축한 본점 건물을 양도하는 과정에서, 해당 양도거래가 부가가치세법상 ‘포괄사업양도’에 해당하는지 여부가 쟁점이 된 사안이다. 청구법인은 본점 건물을 신축해 도매업의 사업장으로 사용하면서 일부 여유 공간을 임대업에 활용하기 시작했고, 이후 부동산임대업을 정식으로 사업목적에 추가하였다. 양도 당시 청구법인은 이 건물의 양도가 부동산임대업의 사업 자체를 포괄적으로 이전하는 거래라고 주장하며 부가가치세를 과세하지 않았다.

 

그러나 관할 세무서는 해당 거래가 사업의 동일성이 유지되지 않은 건물 단순 양도에 불과하다고 보아, 건물분에 대한 부가가치세를 과세하였고, 이후 조세심판원은 이를 인정하였다(조심 2025중 0077, 2025.05.16). 이 사건은 “법인의 본점 건물 양도가 과연 포괄사업양도에 해당할 수 있는가?”라는 실무상 빈번한 질문에 명확한 기준을 제시한 사례이다.

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2. 판례 요약

■ 쟁점: 건물 양도가 포괄사업양도인가, 단순 재화 공급인가

청구법인은

• 쟁점부동산(토지와 건물) 전체를 매수인에게 양도했기 때문에
• 부동산임대업과 관련된 인적·물적 시설을 모두 승계시킨 것으로 보아
• 부가가치세가 면제되는 포괄사업양도라고 주장했다.

그러나 심판원은 다음과 같은 이유로 포괄사업양도에 해당하지 않는다고 보았다.

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1) 건물 전체가 임대업에 사용된 것이 아님

• 연면적 1,411.49㎡ 중 임대한 면적은 387.79㎡(약 27.5%)에 불과
• 나머지 대부분은 본점으로 사용되었으므로
• 건물 전체가 임대사업용 자산이라고 보기 어려움

2) 양도 당시 기존 임대차계약이 승계되지 않음

• 임차인 A와의 임대차 계약이 매수인에게 승계되지 않았음
• 임대사업의 핵심인 임차인·임대료 계약관계가 유지되지 않아 사업 동일성 부정

3) 인적·물적 설비 등의 이전이 확인되지 않음

• 단순히 건물만 양도되었을 뿐
• 부동산임대업을 구성하는 조직, 인력, 운영체계 등의 이전이 없음

결론

→ 부가가치세법 제10조 제9항의 포괄사업양도에 해당하지 않음
→ 건물분 공급가액은 부가가치세 과세대상

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3. 법리해석 및 판례 해설

1) 포괄사업양도의 핵심 요건: ‘사업의 동일성 유지’

부가가치세법 제10조 제9항과 시행령 제23조는
“사업에 관한 모든 권리·의무를 포괄적으로 승계시켜 사업의 동일성을 유지하는 경우”에 한해
재화의 공급(부가세 과세)을 하지 않는다고 규정한다.

여기서 포괄양도란

• 물적 자산(토지·건물),
• 인적·조직적 요소,
• 운영체계,
• 계약·권리관계

등 사업을 구성하는 실체 전체의 승계를 의미하며, 대법원도 일관되게 같은 취지로 해석해 왔다.

✔ 단순히 ‘건물 + 시설물’만 양도한다고 해서

포괄사업양도가 성립하는 것은 아니다.

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2) 법인의 본점 건물 양도는 원칙적으로 포괄사업양도가 성립하기 어렵다

해설 영상에서 강조한 핵심은 다음과 같다.

■ 법인의 사옥(본점 건물)은 다목적 자산

• 본점 건물은 통상 한 가지 사업만을 위한 것이 아님
• 여러 사업의 관리·운영이 동시에 이루어지는 장소
• 따라서 특정 사업부문의 독립적·자족적 사업체로 보기 어려움

■ 사업 동일성 유지의 기준 충족이 거의 불가능

건물 양도가 포괄사업양도로 인정되려면

• 양도일 현재 그 건물에서 이루어지는 사업이
• 변함없이 양수인에게 전부 이어져야 한다.

하지만 대부분의 법인은

• 상호 목적이 여러 개이며
• 본점 건물은 복합적 용도로 쓰이며
• 일부 임대가 있다고 하더라도 그 자체만으로는 임대업의 독립성을 인정받기 어려움

따라서 본 사례처럼
“법인이 본점 건물을 양도하면서 일부 임대업이 존재한다”는 사실만으로는
포괄양도 요건을 충족한다고 보기 어렵다.

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3) 임대차계약 승계 여부는 결정적 요소

부동산임대업의 포괄양도 인정 여부는 다음에 따라 거의 결정된다.

✔ 임차인 및 임대차계약이 그대로 승계되었는가?

• 임대업의 핵심은 임차인과의 계약관계
• 계약이 승계되지 않았다면 사업 자체가 유지되지 않는 것

본 건에서는

• 기존 임대차계약이 양수인에게 승계되지 않았으므로
• 임대사업의 동일성 유지 요건이 충족되지 않았다고 판단된 것이다.

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4) 실무 전문가가 양수인 대리납부 방식을 권고하는 이유

해설영상 - https://www.youtube.com/watch?v=C3wH5HU2ZWU

 

해설 영상에서 강조된 실무 포인트이다.

포괄사업양도 판단은

• 사례별로 고려할 요소가 많고
• 기준도 추상적이며
• 해석상 위험이 매우 크기 때문에
  “양수인의 대리납부 방식”이 실무에서 자주 활용된다.

대리납부 구조를 사용하면

• 설령 포괄양도 요건이 불충족되더라도
• 양수인이 건물분 부가세를 대신 납부하므로
• 매도자의 부가세 리스크가 크게 줄어든다.

특히 법인 사옥 양도는 포괄양도 인정 가능성이 극히 낮아
대리납부는 실무적으로 가장 안전한 대안이다.

 

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4. 실무상 유의사항

1) 본점 건물 양도는 포괄사업양도 요건 충족이 거의 불가능

여러 업종이 병행되거나 복합 용도가 존재하는 경우
대부분 포괄양도 인정이 되지 않는다.

2) 임차인·계약관계 승계는 필수적

임대업의 동일성을 유지하기 위한 핵심은
임대차계약 승계 여부이다.

3) 포괄양도 요건 판단 시 “사용 면적·기간”이 중요

사업용 자산으로 인정되려면

• 건물 사용 내역,
• 사용 면적 비율,
• 임대기간 등이
  사업체의 실질적 구조를 반영해야 한다.

4) 양수인 대리납부를 적극 검토

포괄양도 불충족 시
부가세 폭탄이 발생할 수 있으므로
안전장치로서 반드시 고려해야 한다.

5) 사전에 세무전문가의 검토 필수

부가세 포괄사업양도는 금액 규모가 크고 분쟁 가능성이 높다.
사전에 충분한 검토가 필요하다.

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5. 결론

법인의 사옥 양도는
특정 사업을 구성하는 독립적인 사업체를 이전하는 것이 아니라
여러 사업의 운영 공간을 포함한 복합적 자산을 양도하는 경우가 대부분이다.

 

따라서 양도 당시 사용하던 사업이 그대로 양수인에게 이전되지 않는 한
부가가치세법상 포괄사업양도에 해당하는 경우는 극히 드물다.

 

본 사건 역시

• 건물 전체가 임대업용이 아니었고
• 임대차계약이 승계되지 않았으며
• 포괄적 사업 구조가 이전되지 않았음을 근거로
  부가가치세 과세가 인정된 사례다.

실무에서는
“본점 건물 양도 = 포괄양도 불인정 가능성 매우 높음”
이라는 점을 명심하고,
세무 리스크 관리 차원에서 양수인 대리납부 등 대안적 구조를 검토하는 것이 바람직하다.