[부가세] 가공세금계산서 수취에 따른 부가가치세와 법인세의 부과제척기간 적용

1. 사건 개요 (200자 이상)

본 사건은 소프트웨어 개발업을 영위하는 청구법인이 연구보조금을 수령하기 위해 가공세금계산서를 수수한 후, 종전에 신고한 부가가치세와 법인세의 경정 과정에서 사기·기타 부정한 행위가 인정되는지, 그리고 해당 사실에 따라 부과제척기간이 5년인지 10년인지가 문제 된 사안이다.

 

청구법인은 실제 공급 없이 허위 세금계산서를 발행·수취하였고 이를 매출·매입으로 계상하여 부가가치세 및 법인세 신고에 반영하였다. 이후 과세관청은 청구법인이 부정한 방법으로 세금을 과소 신고했다고 보아 부가가치세와 법인세 모두에 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하려 했다.

그러나 조세심판원은 세목별로 서로 다른 결론을 내렸다.

• 부가가치세: 5년의 부과제척기간 적용
• 법인세: 10년의 부과제척기간 적용

결국 동일한 가공세금계산서 수취 행위라도 세목별로 부과제척기간이 달라질 수 있음을 명확히 한 결정이다(조심 2024인 5884, 2025.05.13).

문서보기 실제 용역공급 없이 쟁점세금계산서를 교부·수취한 것으로 보아 부가가치세와 법인세를 부과한 처분의 당부

문서보기 실제 용역공급 없이 쟁점세금계산서를 교부·수취한 것으로 보아 부가가치세와 법인세

 

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2. 판례 요약

■ 부가가치세: 5년의 부과제척기간 적용

• 과세관청은 허위 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받았으므로 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 주장하며 10년의 기간을 적용.
• 그러나 심판원은 대법원 판례(2013두19516)를 근거로
  “사기 기타 부정 행위로 보려면 국가 조세수입이 감소될 것이라는 인식이 있어야 한다”고 판단.
• 본 사건에서는
  • 청구법인이 세금계산서상 부가가치세 상당액을 실제 지급했고
  • 공급자가 해당 매출세액을 신고·납부했기 때문에
    국가 조세수입의 감소가 발생하지 않음.
• 따라서 부가가치세는 사기 행위로 보기 어렵고 5년 부과제척기간 적용이 타당.

■ 법인세: 10년의 부과제척기간 적용

• 형사판결에서 대표이사가 가공세금계산서 수취를 통한 보조금 편취 사실로 유죄가 확정됨.
• 청구법인의 회계장부는 허위 매입·매출을 반영하여 작성되었고,
  법인세 신고 시 이러한 허위 장부를 그대로 제출.
• 이 사실은 장부 자체가 조작된 경우, 즉 사기 기타 부정한 행위에 해당.
• 따라서 법인세에 대해서는 10년 부과제척기간 및 부정과소신고가산세 적용이 정당하다고 판단.

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3. 법리해석 및 판례 해설

1) 부가가치세: “조세수입 감소 여부”가 핵심 기준

대법원은 가공세금계산서 수취자에게 매입세액 공제 또는 환급의 불법성에 대한 인식만으로는 부족하다고 본다.
‘사기 기타 부정한 행위’로 인정되기 위해서는 반드시 다음 조건이 필요하다.

✔ 조건

• 그 행위로 인해 국가 조세수입이 감소할 것이라는 인식이 존재해야 함.

즉, 가공세금계산서를 수취했더라도

• 공급받는 자가 실제로 부가가치세를 부담하고
• 공급자가 해당 매출세액을 실제로 신고·납부했다면

부가가치세 체계상 조세수입의 손실이 없다.
그렇다면 탈세 의도가 없으며 사기 행위로 볼 수 없다는 것이다.

최근 다수 심판례가 동일 취지라는 점도 참고할 만하다.
가공세금계산서 이슈라도 부가가치세 부분은 오히려 유연한 판단이 내려지는 추세다.

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2) 법인세: 허위 장부 제출 → 무조건 ‘사기 기타 부정한 행위’

반면 법인세는 부가가치세와 구조가 다르다.

법인세는 순자산 증가 또는 소득 귀속 여부를 기반으로 과세하며,
허위 세금계산서를 회계장부에 반영하여 손익계산서·대차대조표를 조작한 경우 직접적으로 법인세를 줄이는 효과를 발생시킨다.

따라서 법인세에서는 아래와 같은 경우 “사기 기타 부정한 행위”가 인정된다.

✔ 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 경우

• 가공세금계산서 수취로 비용(매입)을 과다계상
• 조작된 장부에 근거해 법인세 신고
• 허위 비용 계상은 조세포탈 목적을 갖춘 적극적 행위로 평가
• 형사판결에서 허위 세금계산서 수취 사실이 유죄로 인정된 경우

심판원도 이 점을 근거로 법인세는 10년의 부과제척기간을 적용했다.

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3) 결국 동일 사건이라도 세목별로 기준이 다르다

이 사건의 핵심 메시지는 다음과 같다.

세목조세수입 감소 여부장부 조작 여부적용 기간

부가가치세	없음 → 탈루 의도 없음	영향 없음	5년
법인세	비용 과다계상으로 탈루 발생	허위 장부 제출	10년

즉,

• 부가가치세 → 조세수입 감소 여부가 기준
• 법인세 → 허위 장부 제출 여부가 기준

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4. 실무상 유의사항

1) 가공세금계산서 관련 이슈는 세목별로 따로 판단해야 한다

같은 세금계산서라도 부가세·법인세의 적용 범위와 효과가 다르므로
각 세목에 대한 개별 검토가 반드시 필요하다.

2) 부가가치세는 최근 “탈루 의도 없음” 기준이 강화

• 공급자가 실제 매출세액을 납부한 경우
• 수취자가 매입세액을 환급받아도 실질 조세수입 감소 없음
  이런 사례는 5년 제척기간이 적용되는 경향이 뚜렷하다.

3) 법인세는 장부 조작 여부가 결정적

허위 세금계산서를 회계상 비용에 반영해 신고했다면
형사판결이 없더라도 대부분 10년 + 가산세 적용이 가능하다.

4) 형사판결은 행정사건에서 매우 강한 증거력

판례에 따르면 형사판결의 사실인정은 특별한 사정이 없는 한
행정재판에서도 그대로 받아들여진다.

5) 연구보조금, 용역 대가 등 목적성 있는 허위 거래는 위험도 더 크다

과제 수행 증빙을 위해 가공세금계산서를 사용하는 경우
법인세·보조금 환수 등 종합적 리스크가 발생하므로
특히 주의가 필요하다.

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5. 결론

가공세금계산서를 수취했다고 해서
부가가치세와 법인세 모두에 10년의 부과제척기간이 일률적으로 적용되는 것은 아니다.

본 사건에서 보듯이

• 부가가치세는 조세수입 감소가 없었다는 점에서 5년이 적용되고
• 법인세는 허위 장부 작성 및 탈루 목적이 인정되어 10년이 적용된다.

따라서 실무에서는 세목별 판단 기준 차이를 면밀히 파악해야 하며,
가공세금계산서와 관련된 리스크는
부가세보다 법인세에서 더 강하게 문제가 될 수 있다는 점을 주의해야 한다.