[부가세] 세금계산서 공급일자 기재 오류 시 매입세액 공제 가능할까?

1. 서론

세금계산서는 부가가치세 과세체계에서 거래의 적정성을 입증하는 핵심 증빙서류다.
따라서 세금계산서의 기재사항이 법에 맞지 않으면 매입세액 공제가 불가능한 경우가 많다.
그러나 실제 거래현장에서는 세금계산서 발급 과정에서 공급일자나 금액 등이 착오로 잘못 기재되는 사례가 적지 않다.
이때 공급일자 오류가 단순한 실수에 불과하다면,
납세자가 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부는 중요한 실무 쟁점이 된다.

최근 조세심판원은 이러한 상황에서 “거래사실이 확인되고, 세금계산서가 일정기한 내 발급된 경우”
매입세액 공제를 인정한 결정을 내렸다(조심 2024인 4166, 2025.06.30.).
이번 결정은 세금계산서의 형식적 오류와 실질적 거래의 관계를 다시금 명확히 한 사례로,
기업과 세무담당자 모두가 주목해야 할 의미 있는 판례라 할 수 있다.

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2. 사건의 개요

청구법인은 건축물 신축공사를 진행하면서 시공사로부터 세금계산서를 발급받았다.
공급시기(사용승인일)는 2020년 7월 23일이었으나, 세금계산서는 2021년 3월 30일에 발급되었다.
문제는 세금계산서의 공급일자란에 잘못된 날짜가 기재되어 있었던 점이다.

세금계산서 발급일은 이미 공급시기가 속한 과세기간(2020년 2기)의 확정신고기한(2021년 1월 25일)을 지난 후였으므로,
처분청은 해당 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 없다고 보았다.
즉, ‘기한 경과 후 발급’ 및 ‘공급일자 오류’가 모두 존재하므로
부가가치세법 시행령 제75조 제7호의 요건을 충족하지 못했다는 입장이었다.

이에 청구법인은 세금계산서가 실제 거래사실에 근거해 발급된 것이며,
공급시기 이후 6개월 이내에 발급되었으므로 매입세액 공제가 가능하다고 주장하며 심판청구를 제기하였다.

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3. 관련 법령의 내용

쟁점이 된 규정은 부가가치세법 시행령 제75조 제7호(이하 ‘쟁점법령’)이다.

이 조항은 다음과 같이 규정한다:

“재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받았더라도,
그 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년(2022.2.15. 개정 전에는 6개월) 이내이고,
아래 각목 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 매입세액을 공제할 수 있다.”

• 가목: 수정신고서 또는 경정청구서와 함께 세금계산서를 제출하는 경우
• 나목: 거래사실이 확인되어 납세지 관할 세무서장이 결정·경정하는 경우

즉, 공급시기 이후 세금계산서가 늦게 발급되었더라도
① 기한 내 발급 + ② 거래사실 확인이라는 두 요건을 충족하면 매입세액 공제가 가능하다는 의미이다.

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4. 처분청의 입장

처분청은 보다 엄격한 해석을 취했다.
쟁점법령에 따라 매입세액 공제를 인정하려면
실제 공급시기가 기재된 ‘수정세금계산서’가 기한 내에 발급되어야 한다고 본 것이다.

즉, 공급일자가 잘못된 원세금계산서는 형식적으로 완전하지 않기 때문에,
그 자체로는 매입세액 공제 요건을 충족하지 못한다고 판단했다.
또한 처분청은 청구법인이 거래사실을 알고 있었음에도 불구하고
세금계산서를 지연 수취한 것에 불과하므로,
이 경우는 단순한 ‘착오발급’이라 볼 수 없다고 주장하였다.

따라서 처분청은 매입세액 공제를 전면 부인하고,
청구법인의 경정청구를 거부하였다.

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5. 조세심판원의 판단

조세심판원은 처분청의 주장을 받아들이지 않았다.
심판원은 쟁점법령의 문언을 근거로,
해당 조항이 매입세액 공제를 인정하는 경우를
‘착오발급’ 또는 ‘수정세금계산서 발급’에 한정하고 있지 않다고 보았다.

또한, 청구법인이 발급받은 세금계산서가
① 확정신고기한 다음날부터 6개월 이내에 발급되었고,
② 거래사실이 계약서, 건축물대장, 대금지급 내역 등을 통해 명백히 확인되므로,
법령 요건을 충족한다고 판단했다.

따라서 심판원은 “공급일자 착오가 있는 세금계산서라도,
법정기간 내 발급되고 거래사실이 명백히 확인된다면
매입세액 공제가 가능하다”는 결론을 내렸다.

이로써 청구법인은 부인된 매입세액 공제를 인정받을 수 있게 되었다.

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6. 판례 및 법리적 근거

이번 결정은 기존 대법원 판례의 취지를 계승한 것이다.
대법원은 이미 여러 판결에서 다음과 같이 판시한 바 있다.

“세금계산서의 일부 기재사항이 착오로 잘못된 경우라도,
해당 거래의 실질이 존재하고 그 사실관계가 객관적으로 확인된다면
매입세액 공제를 부정할 수 없다.”
— 대법원 2023.11.16. 선고 ○○○ 판결 등

즉, 세금계산서의 형식적 요건을 절대적 기준으로 보지 않고
실질거래의 존재와 과세표준의 정확성 확보를 중시하는 입장이다.
이번 심판례 또한 이 같은 법리를 충실히 반영한 결과로 볼 수 있다.

 

원문 -  문서보기 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

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7. 실무적 시사점

이번 조세심판 결정은 실무상 다음 세 가지 측면에서 중요한 의미를 갖는다.

(1) 공급일자 오류가 있더라도 매입세액 공제 가능

이전까지는 세금계산서 기재사항 오류가 발생하면
무조건 수정세금계산서를 발급해야 한다고 인식되어 왔다.
그러나 이번 결정은 단순한 날짜 착오나 행정적 실수라면
기한 내 발급 및 거래사실 확인만으로도 공제가 가능함을 명확히 했다.
이는 거래의 실질을 중시하는 최근 과세 행정의 방향성과 일치한다.

(2) “거래사실 확인”의 입증 중요성

세금계산서 발급 시기나 공급일자 오류가 있더라도
계약서, 대금지급내역, 건축물대장 등 객관적 증빙자료가 있으면
과세당국은 거래의 실재를 인정할 가능성이 높다.
따라서 사업자는 거래 시점부터 관련 서류를 철저히 관리해야 한다.
특히 건설, 용역, 장기공사 등 공급시기 판단이 복잡한 업종에서
이 점이 더욱 중요하다.

(3) 경정청구 시 법령 적용 기간 확인

부가령 제75조 제7호의 기간은 2022년 2월 15일 개정으로
“6개월 → 1년”으로 연장되었다.
따라서 공급시기가 2022년 이후인 거래라면
1년 이내에 발급된 세금계산서까지 공제가 가능하다.
실무자는 거래연도에 따른 적용기한을 명확히 구분해야 한다.

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8. 전문가 코멘트

세금계산서의 공급일자 오류는 실무에서 매우 빈번하게 발생한다.
문제는 그 대부분이 부정거래가 아닌 행정착오나 시스템 입력 오류라는 점이다.
이러한 경우에도 과세관청이 형식만을 근거로 공제를 부인한다면
납세자에게 과도한 불이익이 발생하게 된다.

이번 조세심판원의 판단은
세법상 절차 규정의 목적이 “세수확보”가 아니라
“공평한 과세와 납세자의 권리 보호”에 있음을 다시 한번 확인시켜 준다.
결국 부가가치세는 실질거래 중심의 과세를 지향해야 하며,
이번 결정은 그 방향성을 명확히 제시한 의미 있는 판례로 평가된다.

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9. 결론

세금계산서의 공급일자 오류가 있더라도,
① 실제 거래가 존재하고,
② 세금계산서 발급이 확정신고기한 다음날부터 6개월(또는 1년) 이내에 이루어졌으며,
③ 거래사실이 객관적으로 확인된다면,
부가가치세법 시행령 제75조 제7호에 따라 매입세액 공제가 가능하다.

이번 심판례는 형식적 하자보다 거래의 실질과 납세자 권리 보호를 우선시한 결정으로,
향후 유사사례의 중요한 기준이 될 것으로 보인다.

특히 세금계산서 발급 시스템이 자동화된 최근 환경에서는
단순 착오로 인한 오류가 빈번할 수밖에 없는데,
이러한 실수를 이유로 매입세액을 전액 부인하는 것은
조세법의 합리성과 형평성에 반하는 결과를 초래할 수 있다.

따라서 세무실무자들은

• 공급시기와 발급일의 불일치가 발생한 경우
• 세금계산서 기재 오류가 발견된 경우
  즉시 거래증빙과 발급시점을 확인하고,
  필요시 수정세금계산서 발급 또는 경정청구 절차를 통해
  적정한 세액공제를 확보해야 한다.