[법인세, 소득세] 토지 양도 시 장부가액의 범위

토지양도 시 장부가액의 범위 - 단순 회계수치인가 세법상 평가기준인가(서울행정법원 최근 판결 분석)

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서론

최근 서울행정법원은 법인세·소득세 계산에서 ‘장부가액’을 어떻게 해석해야 하는지를 두고 상반된 세무 해석의 경계를 정리하는 판결을 잇달아 선고하였다.
2025년 6월 5일 선고된 2024구합85304 판결은 법인이 토지를 양도할 때, 실제로 지출되지 않았더라도 세무상 장부가액을 구성할 수 있는 비용이 양도 당시 신뢰성 있게 측정 가능하다면 ‘양도 당시의 장부가액’에 포함될 수 있다고 판시했다.
이어 2025년 5월 19일 선고된 2021구합70745 판결은 초과인출금 지급이자 계산 시 사업용 자산의 합계액을 취득가액이 아닌 장부가액 기준으로 평가해야 한다고 보았다.

이 두 사건은 서로 다른 세목(법인세와 소득세)에 관한 것이지만, 공통적으로 “장부가액이 단순한 회계상 수치인지, 세법상 별도의 평가개념인지”를 둘러싼 중요한 법리를 다루고 있다.
이번 글에서는 두 판결의 사실관계와 법리를 중심으로, 세법상 장부가액 개념의 확장과 실무적 함의를 살펴본다.

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본론

1. 첫 번째 판결 – 토지 양도 당시의 장부가액 범위 (2024구합85304)

(1) 사건의 배경

해당 사건의 원고는 물류단지 개발사업을 영위하는 부동산개발회사로, 2019년부터 2021년 사이에 조성부지를 매각하면서 양도소득금액 계산 시 장부가액을 과대 계상했다는 이유로 세무조사를 받았다.
세무당국은 잔금 수령 전 소유권이전등기가 이루어진 점을 근거로, 양도일 기준으로만 비용을 인정해야 한다며 과세표준을 재산정하였다.

(2) 쟁점

문제는 양도일 당시 지출되지 않은 공사원가 등 예정비용이 “양도 당시의 장부가액”에 포함될 수 있는가였다.
즉, 지출의 시기보다 ‘측정 가능성’을 기준으로 비용을 인정할 수 있는지가 쟁점이었다.

(3) 법원의 판단

법원은 “지출되지 않았더라도 세무상 장부가액을 구성할 수 있는 비용 중 양도일에 신뢰성 있게 측정되거나 합리적으로 산정 가능한 금액은 장부가액에 산입할 수 있다”고 보았다.
다만, 실제로 어떤 항목이 이에 해당하는지는 입증이 부족하여 과세처분을 취소하였다.

(4) 법리 검토

이 판결은 ‘양도 당시 장부가액’의 범위를 회계처리 여부와 무관하게 인정할 수 있음을 시사한다.
즉, 비용의 실지지출 여부보다 세법상 합리적 측정 가능성이 우선한다는 입장이다.
법원은 그 근거로 대법원 2016두64722 판결을 언급하였으나, 해당 판례는 ‘세무상 평가반영의 한계’에 관한 것으로, 이번 사안의 직접 근거로는 다소 부족하다.
결국 이 사건은 회계기준과 세법 간 경계의 불명확성을 드러내며, 장부가액 개념의 입법적 명확화 필요성을 제시했다.

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2. 두 번째 판결 – 초과인출금 계산 시 장부가액 적용 (2021구합70745)

(1) 사건의 배경

의료기관을 운영하던 원고는 초과인출금 관련 지급이자 불산입액 계산에서 사업용 자산의 합계액을 취득가액 기준으로 산정하였다.
그러나 세무서장은 감가상각 등 회계 변동을 반영한 장부가액 기준이 타당하다며 경정청구를 거부하였다.

(2) 법원의 판단

서울행정법원은 세무당국의 손을 들어주었다.
즉, “사업용 자산의 합계액은 취득가액이 아니라 해당 회계연도의 장부가액을 기준으로 계산해야 한다”고 판시하였다.
그 이유로,
① 재무상태표상 자산은 일정 시점의 변동을 반영한 결과이므로 장부가액이 실질을 반영하며,
② 감가상각비를 이미 필요경비로 인정받은 상태에서 다시 취득가액 기준으로 계산하면 이중 공제 효과가 발생한다는 점을 들었다.

(3) 법리적 의의

이 판결은 초과인출금 제도의 본질—즉, 가사용 자금에 대한 지급이자 제한 규정—을 고려할 때,
장부가액 기준이 조세형평에 부합함을 명확히 했다.
특히 감가상각비를 필요경비로 이미 인정받은 후 취득가액을 다시 적용하면, 동일 자산에 대해 세법상 이중 혜택이 생기는 문제를 방지하는 합리적 해석으로 평가된다.

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3. 공통된 법리 – ‘장부가액’의 실질적 기능 재조명

두 판결은 서로 다른 세목과 상황이지만, 장부가액의 실질적 기능에 대한 공통된 시각을 보여준다.
즉, 장부가액은 단순한 회계수치가 아니라 세법상 합리적 과세표준을 도출하기 위한 실질적 평가단위로서 기능해야 한다는 것이다.

구분2024구합85304 (법인세)2021구합70745 (소득세)

적용 세목	법인세 (양도소득)	소득세 (지급이자 필요경비)
쟁점	미지출 비용의 장부가액 산입 가능 여부	사업용 자산의 평가 기준
기준 시점	양도일 (익금 귀속시기)	과세기간 종료일
판단 요지	합리적 산정 가능 비용은 장부가액 포함	장부가액 기준이 조세형평에 부합
실무 영향	양도소득 계산 시 평가 범위 확대	초과인출금 산정의 일관성 강화

결국 두 판결은 세법상 장부가액이 반드시 회계상 수치에 한정되지 않음을 명확히 하였으며,
이는 과세표준 산정의 실질적 합리성과 회계정보의 신뢰성을 동시에 고려하려는 방향으로 읽힌다.

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4. 실무적 시사점

1. 양도소득 계산 시
   • 장부가액 산정에 있어 실제 지출이 없어도 ‘합리적 산정 가능성’이 입증된다면 비용으로 인정될 여지가 있다.
   • 단, 회계상 계상되지 않은 금액을 세법상 장부가액으로 반영하려면 근거자료(계약서, 감정평가서, 공사진행률 등)가 필요하다.
2. 초과인출금 계산 시
   • 사업용 자산은 취득가액이 아니라 해당 시점의 장부가액을 기준으로 삼아야 한다.
   • 감가상각비가 이미 경비 처리된 상태에서 취득가액을 사용하면 이중공제 위험이 있다.
3. 회계·세무 일관성 관리 필요
   • 회계기준은 ‘실질주의’, 세법은 ‘과세형평’을 강조하므로,
     장부가액 산정 시 기업회계기준 제43조(회계기준 우선 적용)를 참고하되,
     세법상 실질과 합리적 예측 가능성을 병행 검토해야 한다.

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결론

서울행정법원의 두 판결은 “장부가액”이라는 익숙한 용어의 세법상 의미를 다시 한 번 환기시켰다.
회계상 장부에 단순히 기록된 금액이 아니라, 세법상 합리적 평가를 전제로 한 실질적 가액이 장부가액이라는 점을 명확히 한 것이다.
양도소득 계산에서는 ‘합리적 측정 가능성’, 초과인출금 계산에서는 ‘조세형평’이라는 각기 다른 맥락에서,
두 법원 모두 실질과 형평 중심의 해석기조를 유지했다는 점이 주목된다.

향후에는 ‘장부가액’이 회계기준과 세법 간의 조정개념으로서 명확히 정의될 필요가 있으며,
입법적 보완이 이루어진다면 세무실무의 불확실성이 상당히 줄어들 것으로 보인다.